Question

我实现了以下过程，该过程旨在写入一些文件并在写入完成时在每个文件的末尾打印消息：

# Print one file per piaf
output_dir_piafs <- "OUTPUT_dataset_piafs"
unlink(output_dir_piafs, recursive = TRUE, force = TRUE)
dir.create(output_dir_piafs)
for (i in 1:length(lst_sorted)) {
    sink()      # Generates warnings...
    filename <- paste(output_dir_piafs, "/piaf_", i, ".txt", sep="")
    sink(file = filename, append = TRUE)
    sink(type = "message")
    cat("  ", colnames(file1), "\n")

    for (j in 1:length(lst_sorted[[i]])) {
        cat(j, " ")
        lapply( lst_sorted[[i]][[j]], 
                function(x) { 
                    cat(as.character(x), " ")
                }
        )
        cat("\n")
    }

    ## back to the console
    sink()
    cat(paste(filename, "done !\n"))
    #flush(stdout())        # Tested, no particular effect
}

我的问题是，如果我在循环的最开始没有添加sink()，则标准输出（cat(paste(filename, "done !\n"))）上的最终写入无效。另一方面，添加这个早期sink()会产生我想避免的警告：

There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)
> warnings()
Warning messages:
1: In sink() : no sink to remove
2: In sink() : no sink to remove
3: In sink() : no sink to remove

有没有人知道sink（）的行为方式，以及/或如何摆脱这些警告？

注意：我还尝试了try(sink(), silent=TRUE)，但silent选项仅阻止了错误...

Answer 1

您不必使用sink，查看?cat，它可以直接写入文件。

以下代码应该有效：

output_dir_piafs <- "OUTPUT_dataset_piafs"
unlink(output_dir_piafs, recursive = TRUE, force = TRUE)
dir.create(output_dir_piafs)
lst_sorted <- c(1,2,3)
file1 <- c(a=1, b=2, c=3)
for (i in 1:length(lst_sorted)) {
  filename <- paste(output_dir_piafs, "/piaf_", i, ".txt", sep="")
  cat("  ", colnames(file1), "\n", file=filename, append=T)
  for (j in 1:length(lst_sorted[[i]])) {
    cat(j, " ", file=filename, append=T)
    lapply( lst_sorted[[i]][[j]], 
           function(x) { 
             cat(as.character(x), " ", file=filename, append=T)
           }
           )
    cat("\n", file=filename, append=T)
  }
  cat(paste(filename, "done !\n"))
}

请注意，我设置变量lst_sorted和file1以使代码可重现。

cat解决方案是否适合您？

Answer 2

我终于通过在捕获中断时添加sink(type="output")来解决问题 - Ctrl-C - （这使得以后使用标准输出的事情正确 - 否则将保持锁定/转移）：

tryCatch({

    # Print one file per piaf
    output_dir_piafs <- "OUTPUT_dataset_piafs"
    unlink(output_dir_piafs, recursive = TRUE, force = TRUE)
    dir.create(output_dir_piafs)
    for (i in 1:length(lst_sorted)) {
        filename <- paste(output_dir_piafs, "/piaf_", i, ".txt", sep="")
        sink(file = filename, append = TRUE)
        sink(type = "message")
        cat("  ", colnames(file1), "\n")

        for (j in 1:length(lst_sorted[[i]])) {
            cat(j, " ")
            lapply( lst_sorted[[i]][[j]], 
                    function(x) { 
                        cat(as.character(x), " ")
                    }
            )
            cat("\n")
        }

        ## back to the console
        sink(type="output")
        cat(paste(filename, "done !\n"))
    }

}, interrupt = function(ex) {

    ##cat("An interrupt was detected.\n")
    sink(type="output")            # Restore the standard output !
    ##print(ex)

}) # tryCatch()

另一种方法（基于user1981275和Karl Forner的帮助）可能是：

tryCatch({

    # Print one file per piaf
    output_dir_piafs <- "OUTPUT_dataset_piafs_2"
    unlink(output_dir_piafs, recursive = TRUE, force = TRUE)
    dir.create(output_dir_piafs)
    for (i in 1:length(lst_sorted)) {
        filename <- paste(output_dir_piafs, "/piaf_", i, ".txt", sep="")
        f <- file(filename, 'w')
        cat("  ", colnames(file1), "\n", file=f)

        for (j in 1:length(lst_sorted[[i]])) {
            cat(j, " ", file=f)
            lapply( lst_sorted[[i]][[j]], 
                    function(x) { 
                        cat(as.character(x), " ", file=f)
                    }
            )
            cat("\n", file=f)
        }

        flush(f)
        close(f)
        ## back to the console
        cat(paste(filename, "done !\n"))
    }

}, interrupt = function(ex) {

    closeAllConnections()

}) # tryCatch()

这种解决方案具有很大的优势，可以不对标准输出进行转换，这意味着即使没有中断，标准输出仍然有效。

请注意，仍需要键盘中断处理，以避免出现以下警告：

> warnings()
Warning message:
closing unused connection 3 (OUTPUT_dataset_piafs_2/piaf_16.txt)

相应于?closeAllConnections：

'closeAllConnections'关闭（并销毁）所有用户连接，恢复所有“下沉”的转移，因为它会这样做。

最后注意： 这两种方法之间的文件写入没有真正的速度差异。

使用R中的“sink（）”将文件从文件切换到stdout

2 个答案: