Question

以下是代码：

    def readFasta(filename):
        """ Reads a sequence in Fasta format """
        fp = open(filename, 'rb')
        header = ""
        seq = ""
        while True:
            line = fp.readline()
            if (line == ""):
                break
            if (line.startswith('>')):
                header = line[1:].strip()
            else:
                seq = fp.read().replace('\n','')
                seq = seq.replace('\r','')          # for windows
                break
        fp.close()
        return (header, seq)

    FASTAsequence = readFasta("MusChr01.fa")

我得到的错误是：

TypeError: startswith first arg must be bytes or a tuple of bytes, not str

但startswith的第一个参数应该是根据文档的字符串...所以发生了什么？

我假设我使用的是至少Python 3，因为我使用的是最新版本的LiClipse。

Answer 1

这是因为您以字节模式打开文件，因此您正在调用bytes.startswith()而不是str.startswith()。

您需要执行line.startswith(b'>')，这会使'>'成为bytes literal。

Answer 2

没有让您的文件在＆＃39;打开＆＃39;

上尝试编码到utf-8进行测试

fp = open(filename, 'r', encoding='utf-8')

Answer 3

如果仍然需要以二进制文件打开文件，则将'STR'替换为字节（'STR'.encode（'utf-8'））即可。

在函数中以TypeError开头

3 个答案: