我从mod2（http://zinc.docking.org/）格式的锌数据库（http://tripos.com/index.php?family=modules,SimplePage,,,&page=sup_mol2&s=0）获得了一大组分子。我希望能够将这个数据库拆分成一组N个较小的数据库。对于python，bash或perl，最好的脚本方法是什么？我读过openbabel，但它只能产生一组单个分子。
如果没有，我也可以将mol2转换为另一种更方便的格式
Thaks
答案 0 :(得分：2)
csplit可以将文件分成单个分子：
csplit ~/Download/zinc.mol2 '/@<TRIPOS>MOLECULE/' '{*}'
如果你想要更聪明的东西，那么你可以将每个分子读成一个列表或数组作为一个字符串，然后随意吐出每个文件。
答案 1 :(得分：0)
这是在linux中执行此操作的方法：
gawk -v RS="@<TRIPOS>MOLECULE" 'NF{ print RS$0 > "zinc"++n".mol2" }' zinc.mol2