Question

这是一个相当重复的问题，但我无法用我的文件弄明白，因此，任何帮助都将受到高度赞赏。

我有两个文件，我想比较他们的第一个字段并将公共行打印到第三个文件中，这是我文件的一个示例：

文件1：

gene1
gene2
gene3

文件2：

gene1|trans1|12|233|345 45
gene1|trans2|12|342|232 45
gene2|trans2|12|344|343 12
gene2|trans2|12|344|343 45
gene2|trans2|12|344|343 12 
gene2|trans3|12|34r|343 325 
gene2|trans2|12|344|343 545
gene3|trans4|12|344|333 454
gene3|trans2|12|343|343 545 
gene3|trans3|12|344|343 45
gene4|trans2|12|344|343 2112
gene4|trans2|12|344|343 455

文件2包含更多字段。请注意第一个字段与第一个文件不完全相同，但基因元素只匹配。

输出应如下所示：

gene1|trans1|12|233|345 45
gene1|trans2|12|342|232 45
gene2|trans2|12|344|343 12
gene2|trans2|12|344|343 45
gene2|trans2|12|344|343 12 
gene2|trans3|12|34r|343 325 
gene2|trans2|12|344|343 545
gene3|trans4|12|344|333 454
gene3|trans2|12|343|343 545 
gene3|trans3|12|344|343 45

我使用这段代码，它没有给我任何错误，但它也没有给我任何输出：

awk '{if (f[$1] != FILENAME) a[$1]++; f[$1] = FILENAME; } END{ for (i in a) if (a[i] > 1) print i; }' file1 file1

非常感谢

Answer 1

有人这样吗？

awk -F\| 'FNR==NR {a[$0]++;next} $1 in a' file1 file2
gene1|trans1|12|233|345 45
gene1|trans2|12|342|232 45
gene2|trans2|12|344|343 12
gene2|trans2|12|344|343 45
gene2|trans2|12|344|343 12
gene2|trans3|12|34r|343 325
gene2|trans2|12|344|343 545
gene3|trans4|12|344|333 454
gene3|trans2|12|343|343 545
gene3|trans3|12|344|343 45

Answer 2

在此示例中，grep就足够了：

grep -w -f file1 file2

匹配具有不同行号的两个文件中的列

2 个答案: