Question

我有一张坐垫（start，end）的表格。 500000个片段和另一个60000单坐标表，我想与前片段匹配。即，对于来自dtCoords表的每条记录，我需要在dtFrags表中搜索具有相同chr和start＆lt; = coord＆lt; = end（并从type的此记录中检索dtFrags。完全可以使用R来做这个，或者我应该选择其他语言？

以下是我的例子：

require(data.table)

dtFrags <- fread(
  "id,chr,start,end,type
 1,1,100,200,exon
 2,2,300,500,intron
 3,X,400,600,intron
 4,2,250,600,exon
")

dtCoords <- fread(
"id,chr,coord
 10,1,150
 20,2,300
 30,Y,500
")

最后，我想有这样的事情：

"idC,chr,coord,idF,type
 10,  1,  150,  1, exon
 20,  2,  300,  2, intron
 20,  2,  300,  4, exon
 30,  Y,  500, NA, NA
"

我可以通过chr将表拆分为子表来简化任务，所以我只关注坐标

setkey(dtCoords, 'chr')
setkey(dtFrags,  'chr')

for (chr in unique(dtCoords$chr)) {
  dtCoordsSub <- dtCoords[chr];
  dtFragsSub  <-  dtFrags[chr];
  dtCoordsSub[, {
    # ????  
  }, by=id]  
}

但我仍然不清楚我应该如何在里面工作......我会非常感激任何提示。

UPD。为了以防万一，我把我的真实表放在档案here中。解压缩到工作目录后，可以使用以下代码加载表：

dtCoords <- fread("dtCoords.txt", sep="\t", header=TRUE)
dtFrags  <- fread("dtFrags.txt",  sep="\t", header=TRUE)

Answer 1

通常，使用bioconductor包IRanges来处理与间隔相关的问题是非常合适的。它通过实施interval tree来有效地完成。 GenomicRanges是另一个构建于IRanges之上的软件包，专门用于处理“Genomic Ranges”。

require(GenomicRanges)
gr1 = with(dtFrags, GRanges(Rle(factor(chr, 
          levels=c("1", "2", "X", "Y"))), IRanges(start, end)))
gr2 = with(dtCoords, GRanges(Rle(factor(chr, 
          levels=c("1", "2", "X", "Y"))), IRanges(coord, coord)))
olaps = findOverlaps(gr2, gr1)
dtCoords[, grp := seq_len(nrow(dtCoords))]
dtFrags[subjectHits(olaps), grp := queryHits(olaps)]
setkey(dtCoords, grp)
setkey(dtFrags, grp)
dtFrags[, list(grp, id, type)][dtCoords]

   grp id   type id.1 chr coord
1:   1  1   exon   10   1   150
2:   2  2 intron   20   2   300
3:   2  4   exon   20   2   300
4:   3 NA     NA   30   Y   500

Answer 2

这有用吗？您可以先使用merge，然后使用subset

   kk<-merge(dtFrags,dtCoords,by="chr",all.x=TRUE)
> kk
   chr id.x start end   type id.y coord
1:   1    1   100 200   exon   10   150
2:   2    2   300 500 intron   20   300
3:   2    4   250 600   exon   20   300
4:   X    3   400 600 intron   NA    NA


 kk[coord>=start & coord<=end]
   chr id.x start end type id.y coord
1:   1    1   100 200 exon   10   150
2:   2    4   250 600 exon   20   300

找到两个间隔数据之间的重叠范围

2 个答案: