Question

我试图制作一个多维哈希，但收效甚微。

我已经把我正在使用的脚本放在下面（注意：我正在使用生物宝石。）

#!/usr/bin/env ruby
require 'bio'

def make_hash(input_file)
  input_read = Hash.new
  biofastafile = Bio::FlatFile.open(Bio::FastaFormat, input_file) 
  biofastafile.each_entry do |entry|
    #### If I uncomment the below line, it gives me 2D hash ###
    ####   input_read[entry.definition] = entry.aaseq
    ####
    input_read.map { |maps|
      id_start, id_end = entry.definition.split('-')
      signalp, seq_end = entry.aaseq.split('-')

     {
       :id_start => id_start,
       :id_end => id_end,
       :signalp => signalp,
       :seq_end => seq_end,
       } 
     }
    end
    return input_read
  end

hash = make_hash("./sample.txt")

puts hash
# puts hash[:id_start]

Sample.txt的

>isotig00003_f6_8 - Signal P Cleavage Site => 11:12
MMHLLCIVLLL-KWWLLL
>isotig00003_f6_9 - Signal P Cleavage Site => 10:11
MHLLCIVLLL-KWWLLL
>isotig00004_f6_8 - Signal P Cleavage Site => 11:12
MMHLLCIVLLL-KWWLLL
>isotig00004_f6_9 - Signal P Cleavage Site => 10:11
MHLLCIVLLL-KWWLLL
>isotig00009_f2_3 - Signal P Cleavage Site => 22:23
MLKCFSIIMGLILLLEIGGGCA-IYFYRAQIQAQFQKSLTDVTITDYRENADFQDLIDALQSGLSCCGVNSYEDWDNNIYFNCSGPANNPEALWCAFLLLYTGSSKRSSQHPVRLWSSFPRTTKYFPHKDLHHWLCGYVYNVD
>isotig00009_f3_9 - Signal P Cleavage Site => 16:17
MKTGIIIFISTVVVLP-ITLKPCGVPFSCCIPDQASGVANTQCGYGVRSPEQQNTFHTKIYTTGCADMFTMWINRYLYYIAGIAGVIVLVELFGFCFAHSLINDIKRQKARWAHR

我想要做的是将sample.txt分成条目（每2行）。然后，我想将每个条目分成特定的部分，例如

>isotig00003_f6_8 - Signal P Cleavage Site => 11:12
MMHLLCIVLLL-KWWLLL

由

组成

definition -->        >isotig00003_f6_8 - Signal P Cleavage Site => 11:12
sequence (aaseq) -->  MMHLLCIVLLL-KWWLLL

然后我想将定义分成：

:id_start -->   >isotig00003_f6_8
:id_end -->     Signal P Cleavage Site => 11:12

并将序列（aaseq）拆分为：

:signalp -->    MMHLLCIVLLL
:seq_end -->    KWWLLL

我想要的是能够在其他方法中使用每个特定变量（：id_start，：id_end，：signalp，：seq_end）。

非常感谢您的帮助

Answer 1

这样的事可能适合你。这将生成一个包含哈希的数组;我希望这就是你所追求的。

lines = File.read('sample.txt').split "\n" # You can get your lines however you want.

# Step through the lines in pairs...
lines.each_slice(2).map do |definition, sequence|
  # Create a hash of the split and stripped data.
  Hash[[[:id_start, :id_end], definition.split('-').map(&:strip)].transpose].merge \
  Hash[[[:signalp, :seq_end], sequence.split('-').map(&:strip)].transpose]
end

如果您希望在较大哈希值中的某些键上使用这些哈希值，则可以执行以下操作：

Hash[lines.each_slice(2).map do |definition, sequence|
       ['WHATEVER YOUR KEY IS GOES HERE', 
        Hash[[[:id_start, :id_end], definition.split('-').map(&:strip)].transpose].merge(
        Hash[[[:signalp, :seq_end], sequence.split('-').map(&:strip)].transpose]
       )]
     end]

（我不知道你的密钥会在这里，但你应该可以使用它。）

制作多维哈希，（目前给出空哈希）

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