如何访问作为numpy数组传递给ctypes回调的数组?

时间:2013-10-31 09:11:58

标签: python numpy ctypes

我正在尝试使用numpy和ctypes将用C编写的一些数字代码集成到Python库中。我已经有了实际的计算工作,但现在想在我的Python代码中将我算法的中间步骤的进度报告给回调函数。虽然我可以成功调用回调函数,但我无法检索传递给回调的x数组中的数据。在回调中,xndpointer对象,我似乎无法取消引用。

当前代码

考虑这个最小的例子:

test.h:

typedef void (*callback_t)(
    double *x,
    int n
);

void callback_test(double* x, int n, callback_t callback);

test.c的:

#include "test.h"

void callback_test(double* x, int n, callback_t callback) {
    for(int i = 1; i <= 5; i++) {

        for(int j = 0; j < n; j++) {
            x[j] = x[j] / i;
        }

        callback(x, n);
    }
}

test.py:

#!/usr/bin/env python

import numpy as np
import numpy.ctypeslib as npct
import ctypes
import os.path

array_1d_double = npct.ndpointer(dtype=np.double, ndim=1, flags='CONTIGUOUS')

callback_func = ctypes.CFUNCTYPE(
    None,            # return
    array_1d_double, # x
    ctypes.c_int     # n
)

libtest = npct.load_library('libtest', os.path.dirname(__file__))
libtest.callback_test.restype = None
libtest.callback_test.argtypes = [array_1d_double, ctypes.c_int, callback_func]


@callback_func
def callback(x, n):
    print("x: {0}, n: {1}".format(x, n))


if __name__ == '__main__':
    x = np.array([20, 13, 8, 100, 1, 3], dtype=np.double)
    libtest.callback_test(x, x.shape[0], callback)

当前输出

编译并运行脚本后,我得到以下输出:

x: <ndpointer_<f8_1d_CONTIGUOUS object at 0x7f9b55faba70>, n: 6
x: <ndpointer_<f8_1d_CONTIGUOUS object at 0x7f9b55faba70>, n: 6
x: <ndpointer_<f8_1d_CONTIGUOUS object at 0x7f9b55faba70>, n: 6
x: <ndpointer_<f8_1d_CONTIGUOUS object at 0x7f9b55faba70>, n: 6
x: <ndpointer_<f8_1d_CONTIGUOUS object at 0x7f9b55faba70>, n: 6

我还尝试了子集化运算符x[0:n](TypeError:'ndpointer_x.value(将指针作为数字返回)。

Hackish Solution

如果我使用callback_func的以下替代定义:

callback_func = ctypes.CFUNCTYPE(
    None,            # return
    ctypes.POINTER(ctypes.c_double), # x
    ctypes.c_int     # n
)

以及以下替代回调函数:

@callback_func
def callback(x, n):
    print("x: {0}, n: {1}".format(x[:n], n))

我得到了预期的结果:

x: [20.0, 13.0, 8.0, 100.0, 1.0, 3.0], n: 6
x: [10.0, 6.5, 4.0, 50.0, 0.5, 1.5], n: 6
x: [3.3333333333333335, 2.1666666666666665, 1.3333333333333333, 16.666666666666668, 0.16666666666666666, 0.5], n: 6
x: [0.8333333333333334, 0.5416666666666666, 0.3333333333333333, 4.166666666666667, 0.041666666666666664, 0.125], n: 6
x: [0.16666666666666669, 0.10833333333333332, 0.06666666666666667, 0.8333333333333334, 0.008333333333333333, 0.025], n: 6

我的问题

在回调中是否有更多numpy-ish方式访问x?我宁愿访问ndpointer指向的数据,而不是下标然后转换回numpy.array,因为我想限制x的副本数量(为了优雅代码)

如果您想对我的代码进行试验,我已经uploaded a gist了整个迷你示例。

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

我找到了使用ctypes.POINTER(ctypes.c_double)numpy.ctypeslib.as_array的解决方案 - 根据numpy.ctypeslib文档,这将与数组共享内存:

callback_func = ctypes.CFUNCTYPE(
    None,            # return
    ctypes.POINTER(ctypes.c_double), # x
    ctypes.c_int     # n
)

[...]

@callback_func
def callback(x, n):
    x = npct.as_array(x, (n,))
    print("x: {0}, n: {1}".format(x, n))

任何拥有更优雅解决方案的人,可能使用ndpointer个对象?