Question

此代码直接来自Bioconductor晕图，用于创建表达式集{http://www.bioconductor.org/packages/2.12/bioc/vignettes/Biobase/inst/doc/ExpressionSetIntroduction.pdf）。

>  exprs <- as.matrix(read.table(exprsFile, header=TRUE, sep = "\t",
                 + row.names = 1,
                 + as.is=TRUE))

有人可以说明为什么此代码会生成以下错误消息吗？

> exprs <- as.matrix(read.table(exprsFile, header=TRUE, sep = "\t",
+                       row.names = 1,
Error: unexpected '=' in:
"exprs <- as.matrix(read.table(exprsFile, header=TRUE, sep = "\t",
                 + row.names ="
>                      + as.is=TRUE))
Error: unexpected ')' in "                     + as.is=TRUE)"

或者，您能否建议另一种方法将文件exprsFile读入带有标题的矩阵？

非常感谢你的时间。

Answer 1

使用Sweave（几乎可以肯定）生成biobase插图。将单个表达式拆分为多行的>和前导+是使用Sweave以及它如何显示其处理的代码的假象。它反映了如果输入以下内容（应该有效），终端/控制台（R会话）的外观如何

exprs <- as.matrix(read.table(exprsFile, header=TRUE, sep = "\t",
                  row.names = 1,
                  as.is=TRUE))

knitr（这是Sweave的替代方法，现在允许使用小插图，默认情况下已删除了这些prompts，因此代码更直接可以复制和匹配。< / p>

如何将数据表作为矩阵读入R中

1 个答案: