Question

我尝试在perl驱动程序脚本中使用一些unix工具，因为我对编写shell脚本知之甚少。我的目的是将几个简单的unix命令组合在一起，这样我就可以在一个perl命令中运行100个目录上的脚本。

任务是我有100多个文件夹，在每个文件夹中，有n个文件。我想在每个文件夹上做同样的事情，即组合它们中的文件并对组合文件进行排序，并使用bedtools来合并重叠区域（在生物信息学中很常见）

这就是我所拥有的：

#!/usr/bin/perl -w
use strict;

my $usage ="
This is a driver script to merge files in each folder into one combined file
";
die $usage unless @ARGV;

my ($in)=@ARGV;
open (IN,$in)|| die "cannot open $in";

my %hash;
my $final;

while(<IN>){
    chomp;
    my $tf = $_;
    my @array =`ls $tf'/.'`;
    my $tmp;
    my $tmp2;
    foreach my $i (@array){
        $tmp = `cut -f 1-3 $tf'/'$i`;
        $tmp2 = `cat $tmp`;
    }
    my $tmp3;
    $tmp3=`sort -k1,1 -k2,2n $tmp2`;
    $final = `bedtools merge -i $tmp3`;
}
print $final,"\n";

我知道这条线根本不起作用..

$tmp2 = `cat $tmp`;

问题是如何将输出定向到perl中的另一个变量，并在稍后的另一个unix命令中使用该变量......

请告诉我是否可以指出我可以更改的位置以使其正常工作。非常感激。

Answer 1

反引号的输出通常包括换行符，通常在使用下游输出之前必须将其删除。在代码中添加一些chomp：

chomp( my @array =`ls $tf'/.'` );

my $tmp;
my $tmp2;
foreach my $i (@array){
    chomp( $tmp = `cut -f 1-3 $tf'/'$i` );
    chomp( $tmp2 = `cat $tmp` );
}
my $tmp3;
chomp( $tmp3=`sort -k1,1 -k2,2n $tmp2` );
$final = `bedtools merge -i $tmp3`;

Answer 2

要在shell中使用perl变量，这是一个示例：

#!/usr/bin/env perl

my $var = "/etc/passwd";

my $out = qx(file $var);

print "$out\n";

对于其他人来说，它非常混乱。你应该花时间学习perl而不是混合coreutils命令和Perl，其中perl本身是一个更好的工具来完成整个笑话。

Answer 3

行。我在perl上放弃了它，并决定尝试使用shell脚本。有效！！谢谢你的上述答案！

for dir in `ls -d */`
do
    name=$(basename $dir /)
    cd $dir
    for file in `ls`
    do
        cut -f 1-3 $file > $file.tmp
    done
    for x in `ls *tmp`
    do
        cat $x >> $name.tmp1
    done
    sort -k1,1 -k2,2n $name.tmp1 > $name.tmp2
    bedtools merge -i $name.tmp2 > $name.combined
done

perl中的unix函数

3 个答案: