当一个参数保持不变时，快速进行knnsearch

Question

我有以下问题。

for i=1:3000
    [~,dist(i,1)]=knnsearch(C(selectedIndices,:),C);
end

让我解释一下上面的代码。矩阵C是一个巨大的矩阵(300000 x 1984)。 C(selectedIndices,:)是C的100个元素的子集，具体取决于i的值。这意味着：对于i=1，会选择前100个C点，对于i==2，会选择C(101:200,:)。如您所见，第二个参数保持不变。

有没有办法让这项工作更快。我尝试过以下方法：

-  [~,dist(i,1)]=knnsearch(C,C); %obviously goes out of memory

• 发送更大的selectedIndices块而不是仅发送100个。这增加了一些我不担心的后处理。但这不起作用，因为它需要相同的时间。例如，如果我一次发送100个C点，则需要60秒。如果我发送500，则后处理需要380秒。

• 尝试使用parfor：不同的selectedIndices组将并行执行。它不起作用，因为可能已经创建了两个大矩阵C的副本（不确定parfor是如何工作的），但我确信计算机变得非常慢，反过来否定了parfor的优势。

  < / LI>

• 尚未尝试：将两个参数分解为较小的块并将其发送到parfor中。你认为这会有什么不同吗？

我对任何建议持开放态度，即如果你觉得以某种不同的方式制动矩阵可能会加快计算速度，那就建议一下。因为，最后我只关心从C中的每个点找到一组点的最近点（这里每组有100个点）。