卸载R和软件包

Question

我在Ubuntu中使用R.我意识到我在/usr/local/lib/R/site-library/和/home/sparhawk/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/都安装了软件包。我更喜欢他们在我的用户目录中。

如何将所有（非基础）包移动到用户目录？如有必要，我很高兴重新安装R和/或包裹。

我也试过sudo apt-get purge r-base，但这并没有触及上面列出的根目录。

Answer 1

对install.packages使用 destdir 选项指定要安装的软件包的位置。

install.packages（“RCpp，destdir =”〜/ RPackages“，CRAN =”http://cran.r-project.org“）

Answer 2

卸载R和软件包

首先我清除了Ubuntu包

$ sudo apt-get purge r-recommended
$ sudo apt-get --purge autoremove
...
dpkg: warning: while removing r-base-core, directory '/usr/lib/R/library' not empty so not removed

如上所述，未删除一个目录，因此

$ rm -r /usr/lib/R /tmp

/usr/local/lib/R/site-library/和~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/的包目录仍然存在，因此我删除了它们。

$ mv /usr/local/lib/R/ /tmp
$ mv ~/R/ /tmp/R-user

重新安装R和包

sudo apt-get install r-recommended

从用户帐户运行R（我使用了RStudio）。手动安装包。

有一次，我收到了警告。

Warning message:
installed directory not writable, cannot update packages 'Matrix'

因此，我不是以超级用户身份运行R，而是尝试在用户目录中安装另一个版本。我想我已安装了两个版本，但R似乎选择了更新的版本。

> update.packages()
Matrix :
 Version 1.0-14 installed in /usr/lib/R/library 
 Version 1.1-0 available at http://cran.rstudio.com
Update (y/N/c)?  y
Warning in install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, contriburl = contriburl,  :
  'lib = "/usr/lib/R/library"' is not writable
Would you like to use a personal library instead?  (y/n) y
...
> update.packages()
Warning: package 'Matrix' in library '/usr/lib/R/library' will not be updated
> packageVersion('Matrix')
[1] ‘1.1.0’

然而，尽管R似乎选择了最新版本，但仍然会收到有关无法升级软件包的警告消息。

> biocLite("limma")
Warning message:
installed directory not writable, cannot update packages 'Matrix'

如何从超级用户重新安装所有R包到用户？

2 个答案:

卸载R和软件包

重新安装R和包