Question

我有一个文件，其中包含12列（bam文件），第11列包含ASCII代码。在一个文件中，我有多个ASCII码。我想将其转换为数字。我认为这段代码：

perl -e '$a=ord("ALL_ASCII_CODES_FROM-FILE"); print "$a\t"'

我想创建循环来读取所有ASCII代码，这些代码位于第11列，将其转换为数字并将结果计数为一个数字。

Answer 1

您需要将字符串拆分为单个字符，循环遍历每个字符，然后在循环中调用ord。

my @codes = map ord, split //, $str;
say join '.', map { sprintf("%02X", $_) } @codes;

方便的是，unpack 'C*'完成所有这些。

my @codes = unpack 'C*', $str;
say join '.', map { sprintf("%02X", $_) } @codes;

如果您打算以十六进制打印出来，可以使用v中的printf修饰符。

say sprintf("%v02X", $str);

Answer 2

将字符串转换为相应ASCII码列表的自然工具是unpack：

my @codes = unpack "C*", $string;

特别是，假设您正在解析SAM file（或更常见的是FASTQ-style quality string的QUAL列，我相信正确的转换将是：

my @qual = map {$_ - 33} unpack "C*", $string;

聚苯乙烯。从你提到的“列”，我假设你实际上正在解析一个SAM文件，而不是一个BAM文件。如果我正确读取规范，BAM格式似乎没有使用+33偏移量作为质量值，所以如果你解析BAM文件，你只需使用上面的第一个例子为此。