我有一组fasta格式的对齐序列。我想在协调中达成共识。在大多数站点的情况下，其中一个基站显示出最大值。如果两个或多个碱基出现次数相同的位点，应采用哪个碱基。下面给出一个例子：
>Seq_1
ATGCGA
>Seq_2
AT-CGT
>Seq_3
AT-CCG
>Seq_4
AT-CCC
>Seq_5
AA-CT-
根据惯例，这将是共识
Site : 1 2 3 4 5 6
Consensus : A T G C [G/C] N
但是，当与其他序列比对时，共有序列的这个输出将引发错误。那么在这种情况下应该做些什么以及如何就这些网站达成共识呢？
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你也可以在Biostars问这个问题。
然而，这些是我的建议。
1）存在几个包来计算共有序列。使用已知的包装可能是值得的 2）如果要创建自己的算法，请查看IUPAC核苷酸代码（例如here）。根据惯例，G / C将由“S”表示
答案 1 :(得分：0)
大多数共识呼叫者都会考虑质量，不仅要找到最常见的基数，还要找到信心最高的基数。
例如，在旧的桑格时代，执行此操作的算法是丘吉尔 - 沃特曼共识调用算法。还有修改版本以满足您的需求（例如，没有调用含糊不清的版本）