Question

我正在尝试迭代表中的行列表并修改其中一列中的字符串：

# python 2.7
import csv
import re

with open('root_diff.txt', 'rU') as dmr:
    coordinates_tsv = csv.reader(dmr, delimiter='\t')
    coordinates_list = [row for row in coordinates_tsv]

    for row in coordinates_list:
        cut = re.split(':|-|r', row[3])
        print cut[1]

但是我收到以下错误： IndexError: list index out of range

row[3]中的字符串如下所示：chr1:594572-598657。我想拆分它，看起来像这样：['ch', '1', '594572', '598657']，用第二和第三个数字做点什么。

Answer 1

row[3]必须至少包含一个值，且不包含要拆分的任何字符。

要进行调试，请抓住IndexError并打印cut和/或row[3]以查看发生了什么：

try:
    print cut[1]
except IndexError:
    print '-- unexpected input --', row[3]

如果这是标题，请使用next()：

跳过它

with open('root_diff.txt', 'rU') as dmr:
    coordinates_tsv = csv.reader(dmr, delimiter='\t')

    next(coordinates_tsv, None)  # skip first row, the header

    for row in coordinates_tsv:

请注意，理论上，它仍然可能是之前的行抛出此异常;你没有在帖子中分享回溯。如果空白行或列数较少的行会导致IndexError为row[3]。例如，空行给出一个空列表。

在python中为for循环拆分字符串

1 个答案: