Question

这是我正在尝试做的事情：

我正在比较两个文件。

因此，有两个文件包含与该突变相关的突变名称和一个名为aapos的数字。

在文件1中，有t个突变，在文件2中，有s个突变。

现在，文件编号2中的突变具有特定的生物学意义，所以我要做的是查看文件1中的突变名称（在我的程序中称为tagname）是否等同于标记名在文件2中，以及该特定突变的aapos编号是否落在文件编号2中的aapos1和aapos2的范围内。

如果满足这两个条件，那么我在文件1中的突变具有特殊的生物学意义，我们将其称为类别1.否则，它将属于第2类，这没有生物学意义。

此外，在每个文件中，都有一个名为synonymous的列，对于文件1中的每个突变，同义列的编号为0或1。

现在这就是我想要做的：对于属于CATEGORY 2的每个变异，如果该变异的synonymous列为0，我希望计数器nonsyntwo添加1，如果它是1，然后我希望计数器syntwo添加1.基本上，对于属于类别2的所有突变，我想要计算在synonymous中有多少指定值为0的计数列和指定值为1的列数。

然而，当程序运行时，我最终获得nonsyntwo和syntwo的数字，这远远大于我正在使用的文件中的标记名数量。如果我要将s和t更改为15（每个文件中都有数千个标记名），那么我会得到94作为nonsyntwo的值。

如果程序迭代15个标记名，这怎么可能？

for x in range(1,s):
    for b in range (1,t):
        if tagname1[x]== tagname2[b]:   
            if int(aapos1[b]) <= int(aapos[x])<= int(aapos2[b]): 
                snps = snps + 1  
            elif int(synonymous[x]) == 0: 
                nonsyntwo = nonsyntwo + 1
            elif int(synonymous[x]) == 1: 
                syntwo = syntwo + 1 
        elif tagname1[x]!= tagname2[b]: 
            if int(synonymous[x]) == 0: 
                nonsyntwo = nonsyntwo + 1
            elif int(synonymous[x]) == 1: 
                syntwo = syntwo + 1

Answer 1

我不完全明白你要做什么，当我开始命名假设时，它已经失控，但这是你的问题：

elif tagname1[x]!= tagname2[b]: 
        if int(synonymous[x]) == 0: 
            nonsyntwo = nonsyntwo + 1
        elif int(synonymous[x]) == 1: 
            syntwo = syntwo + 1

这适用于每对x,b。这意味着它将至少 (s-2)(t-2)次执行。我怀疑这不是你想要的。

Answer 2

你真的需要清楚地陈述你的问题。我们不应该只是为了理解你正在处理什么来挑选你的问题。

我理解以下内容：

所以有两个文件包含突变和数字的名称，称为aapos，与该突变有关。 [...] 此外，在每个文件中，都有一个名为“synonymous”的列[...] 在文件号2中的aapos1和aapos2范围内

您有两个文件。
第一个文件有三列：tagname, appos, synonymous。
第二个文件有四列：tagname, aapos, appos2, synonymous。

现在，文件编号2中的突变具有特定的生物学特征重要性，所以我要做的是看是否突变名称（在我的程序中称为标记名）在文件1中等同于标记名在文件2中，以及该特定突变的aapos编号落在文件号2中的aapos1和aapos2范围内。[...] 如果满足这两个条件，那么我在文件1中的突变有一个特殊的生物学意义，我们称之为第1类

如果第一列与file1
如果匹配，并且如果第二列包含file2中第二列和第三列的范围，则要将该行添加到名为category1的集合中;否则添加到另一个名为category2的集合。

在每个文件中，都有一个名为“synonymous”的列，用于在文件1中的每个突变中，同义列被分配了多个 0或1.现在这就是我想要做的：对于每个属于的变异到第2类，如果该突变的“同义”列为0，我希望计数器'nonsyntwo'添加1，如果它是1，那么我想要计数器'syntwo'加1。

从category2集合中取出每个项目，并计算1和0的数量。

如果这是正确的，那么您需要以下内容（假设您的文件以逗号分隔）

import csv
from collections import Counter

with open('file1.txt') as f:
   reader = csv.reader(f, delimiter=',')
   file1 = list(reader)

with open('file2.txt') as f:
   reader = csv.reader(f, delimiter=',')
   file2 = list(reader)

cat1 = []
cat2 = []

for line in file2:
   for line2 in file1:
      if line[0] == line2[0]:
          if int(line2[1]) <= int(line[1]) <= int(line2[2]):
              cat1.append(line)
          else:
              cat2.append(line)

counter = Counter(line[3] for line in cat2)
nonsyntwo = counter['0']
syntwo = counter['1']

Answer 3

我不清楚你问题的性质。但是，我有这些改进建议：

aapos = map(int, appos)
aapos1 = map(int, appos1)
aapos2 = map(int, appos2)
synonyms = map(int, synonyms) # or are they already?
for x in range(1,s):
    for b in range (1,t):
        # Here, x and b go from 1 to s resp t.
        # So you are always missing [0] of the array. 
        # Doing
        x, b = x-1, b-1
        # is not very clean, but it helps for now.
        checksyn = True
        if tagname1[x] == tagname2[b]:
            if aapos1[b] <= aapos[x] <= aapos2[b]:
                snps += 1
                checksyn = False
        if checksyn:
            if synonymous[x] == 0: 
                nonsyntwo += 1
            elif synonymous[x] == 1: # if 1 is the only other possible value, an else: would be enough here.
                syntwo += 1

为什么这个循环不能正常工作？（蟒蛇）

3 个答案:

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