Question

想象一下有两列，一列是p值，另一列是斜率。我想找到一种方法来仅绘制具有显着p值的斜率数据点。这是我的代码：

print("State the file name (include .csv)")
filename <- readline()
file <- read.csv(filename)

print ("Only include trials with p-value < .05? (enter yes or no)")
pval_filter <- readline()
if (pval_filter == "yes"){
   i <- 0
   count <- 0
   filtered <- NULL
   while (i > length(file$pval)){
      if (file$pval[i] < .05){
         filtered[count] <- i
         count <- count + 1
      }
      i <- i + 1
   }

   x <- 0
   while (x != -1){
      print("State the variable to be plotted")
      temp_var <- readline()
      counter <- 0
      var <- NULL
      while (counter > length(filtered)){
         var[counter] = file [, temp_var][filtered[counter]]
         counter <- counter + 1
         }

      print ("State the title of the histogram")
      title <- readline()
      hist(var, main = title, xlab = var)
      print("Enter -1 to exit or any other number to plot another variable")
      x <- readline()
    }
}

Answer 1

这不是更短，产生的大致相同：

df = read.csv('file.csv')
df = df[df$pval < 0.05,]
hist(df$value)

这至少应该让你开始。

关于代码的一些评论：

你使用了很多保留名称（var，file）作为对象名称，这是一个坏主意。
如果您希望程序使用用户输入，则需要在执行任何操作之前进行检查。
无需显式循环data.frame中的行，R是矢量化的（例如，请参阅上面我的子集化df）。这种风格看起来像Fortran，在R.中没有必要。

Answer 2

很难准确说出你想要的东西。最好是一个例子是可重现的（我们可以复制/粘贴和运行，我们没有你的数据，因此不起作用）并且是最小的（你的代码中有很多我不认为与你的交易问题）。

但有些指示可能会有所帮助。

首先，readline函数有一个prompt参数，可以提供比print语句更好看的交互。

如果您的所有数据都位于包含p列和b列的p值和斜率的数据框中，那么您只能包含b p<=0.05的值hist( mydataframe$b[ mydataframe$p <= 0.05 ] )使用简单的子集，如：

with( mydataframe, hist(b[p<=0.05]) )

或

{{1}}

这足以回答你的问题吗？

Answer 3

鉴于data = cbind(slopes, pvalues)（所以col(data) == 2）

像这样：

plot(data[data[ ,2] < 0.05 , ])

说明：

data[ ,2] < 0.05将返回一个TRUE / FALSE向量，其长度为列。

所以你会得到：

data[c(TRUE, FALSE....), ]

从那时起，只选择数据为TRUE。

因此，您只会绘制p值低于0.05的x和y。

Answer 4

以下是仅绘制具有显着p值的斜率数据点的代码：假设文件的列名称为pval和slope。

# Prompt a message on the Terminal
filename <- readline("Enter the file name that have p-value and slopes (include .csv)")
# Read the filename from the terminal
file     <- read.csv(filename, header = TRUE)

# Prompt a message again on the Terminal and read the acceptance from user
pval_filter <- readline("Only include trials with p-value < .05? (enter yes or no)")    

if (to-lower(pval_filter) == "yes"){
   # Create a filtered file that contain only rows with the p-val less than that of siginificatn p-val 0.05
   file.filtered <- file[file$pval < 0.05, ]    

   # Get the title of the Histogram to be drawn for the slopes (filtered)
   hist.title <- readline("State the title of the histogram")
   # Draw histogram for the slopes with the title
   #     las = 2 parameter in the histogram below makes the slopes to be written in parpendicular to the X-axis
   #     so that, the labels will not be overlapped, easily readable. 
   hist(file.filtered$slope, main = hist.title, xlab = Slope, ylab = frequency, las = 2)
}

希望这会有所帮助。

如何在R脚本中的列中绘制特定数据点

4 个答案: