在matlab中从邻接矩阵创建图形

时间:2013-10-19 05:57:43

标签: matlab graph adjacency-matrix

我在matlab中有一个邻接矩阵。我如何绘制图表?由于我有> 500个节点,我不能使用带有随机(或网格状)坐标的gplot。

2 个答案:

答案 0 :(得分:8)

假设您拥有bioinformatics toolboxbiograph功能非常适合您想要做的事情。

这是我过去所做的:

假设fromto是包含有关系统中的起始节点的信息的两个向量。然后你可以用这种方式创建你的邻接矩阵:

Sys = sparse(from,to,1,s,s);  
Adj_mat = tril(Sys + Sys'); 

我假设您已经有了邻接矩阵adj_mat,在这种情况下,您需要做的就是:

bg = biograph(Adj_mat,[],'ShowArrows','off','ShowWeights','off');
h = view(bg);  

我添加了一些论据只是为了说明一些可能性。我想要箭头,跳过那一部分。

默认情况下,节点将根据“最小能量”标准放置,这意味着“分支交叉”的数量最小化。布局可以更改,例如添加'LayoutType','Radial'

查看documentation了解详情。

这是我之前使用传记创建的一个例子。使边缘笔直,或为树枝分配不同的颜色和重量很简单。此外,您可以为节点创建不同的名称,或删除名称,而只是在那里有一个“点”。

enter image description here

修改

在评论中回答文森特的问题:

我使用set(edges,'LineWidth',1.5)来设置边缘权重。查看一些其他文档和示例here

%% Color affected lines:
set(h.nodes(nn),'Color',[0.2 0.8 0.2]);
fowEdges = getedgesbynodeid(h,get(h.Nodes(nn),'ID'));
revEdges = getedgesbynodeid(h,get(h.Nodes(fliplr(nn)),'ID'));
edges = [fowEdges;revEdges];
set(edges,'LineColor',[0.2 0.8 0.2])
set(edges,'LineWidth',1.5)

%% Color faulted line:
set(h.nodes(newFaultNodes),'Color',[1 0.4 0.4]);
fowEdges = getedgesbynodeid(h,get(h.Nodes(newFaultNodes),'ID'));
revEdges = getedgesbynodeid(h,get(h.Nodes(fliplr(newFaultNodes)),'ID'));
edges = [fowEdges;revEdges];
set(edges,'LineColor',[1 0 0])
set(edges,'LineWidth',2)

答案 1 :(得分:2)

查看此功能:gplot

示例:

% Plot half of a "Bucky ball" carbon molecule, placing asterisks at each node:
k = 1:30;
[B,XY] = bucky;
gplot(B(k,k),XY(k,:),'-*')
axis square

enter image description here