在给出2个列表时(一个列表用于子项,另一个用于父项),尝试输出树关系时苦苦挣扎

时间:2013-10-17 17:05:46

标签: r graph tree traversal bioinformatics

用这个抓了几天但是没有用。在与教授一起做志愿者时,我偶然发现了这个问题:我有以下数据将生物与他们的父母联系在一起(表可能是n个条目长):

有机体ID - (1,2,3,4,5,6,7)

父母生物ID - (N / A,1,N / A,2,2,4,3)

(因此有机体1具有父母“N / A”(无父母),organim 2有父母1,3,父母有“N / A”,4有父母2,父母有5,父母有4,有父母3)< / p>

所以配对数据(parent [i],child [i]),关系是:

1→2

2→4

2→5

4-→6

3→7

根据这些数据,我想生成某种树形视觉:http://imgur.com/gyWC1R0。或者将其置于新的格式(http://en.wikipedia.org/wiki/Newick_format

我一直在R中摆弄(没有特别的原因,我最近一直在使用R alot)输入一个父ID的列表,另一个用于生物ID,但我的所有尝试都是徒劳的所以远。

如果有人遇到类似的问题,或者可以找出解决这个问题的一般逻辑,那将非常感激。

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

您可以手动制作树状图,如此问题所示:

How do I manually create a dendrogram (or "hclust") object ? (in R)

但是,我建议查看R的

的kinship2包

http://alexchubaty.com/index.php/2011/11/constructing-pedigrees-in-r/向您展示如何制作家谱(听起来就像您要做的那样)。

不幸的是,我对这个软件包不是很有经验,而且我不确定如何只有一个父母。