Vioplot R：如何设置轴标签

Question

我有一个数据框mdata，如下所示：

>head(mdata)

          ID  variable    value
 SJ5444_MAXGT   coding   4.241920
 SJ5426_MAXGT   coding   4.254331
 HR1383_MAXGT   coding   4.244994
 HR5522_MAXGT   missense 4.250347
CH30041_MAXGT   missense 4.303174
 SJ5438_MAXGT   utr.3    4.242218

我试图画出这样的小提琴情节：

x1<- mdata$value[mdata$variable=='coding']
x2<- mdata$value[mdata$variable=='missense']
x3<- mdata$value[mdata$variable=='utr.3']

vioplot(x1, x2, x3, names=as.character(unique(mdata$variable)), col="red")
title("Violin Plot: Log10 values")

但我有另一个数据框ndata，如下所示：

>head(ndata)

           ID variable   value
 SJ5444_MAXGT   coding   17455
 SJ5426_MAXGT   coding   17961
 HR1383_MAXGT   coding   17579
 HR5522_MAXGT   missense 17797
CH30041_MAXGT   missense 20099
 SJ5438_MAXGT   utr.3    17467

基本上mdata $值是：

mdata$value = log10(ndata$value)

所以我可以让小提琴的情节好起来。但是我需要更改Y轴标签以匹配ndata $值而不是mdata $ value。我正在绘制mdata $值，但希望从ndata $ value中获取Y轴标签。仅供参考，这是实际数据的一个子集。实际数据中的最小值和最大值为12＆amp; 36937，我知道如何使用以下方法在箱线图上绘制：

axis(side=2,labels=round(10^(seq(log10(min(ndata$value)),log10(max(ndata$value)),len=5))),at=seq(log10(min(ndata$value)),log10(max(ndata$value)),len=5))

但是我不能在Yiolin图中绘制Y轴标签以匹配ndata $值。有什么建议吗？

P.S。我找不到代码vioplot或violinplot，因此我无法对其进行标记。

Answer 1

vioplot不是很灵活 - 它不允许您关闭轴标签或修改它们 - 但您可以先创建自己的空图，然后将小提琴图添加到其中vioplot(...,add=TRUE)，然后手动添加标签，如下所示：

## make up data
set.seed(101)
x1 <- rlnorm(1000,meanlog=3,sdlog=1)
x2 <- rlnorm(1000,meanlog=3,sdlog=2)
x3 <- rlnorm(1000,meanlog=2,sdlog=2)

现在创建情节：

library(vioplot)
par(las=1,bty="l")  ## my preferred setting
## set up empty plot
plot(0:1,0:1,type="n",xlim=c(0.5,3.5),ylim=range(log10(c(x1,x2,x3))),
     axes=FALSE,ann=FALSE)
vioplot(log10(x1),log10(x2),log10(x3),add=TRUE)
axis(side=1,at=1:3,labels=c("first","second","third"))
axis(side=2,at=-2:4,labels=10^(-2:4))

或者，您可以使用ggplot2::geom_violin()和scale_y_log10()（我认为）。

Answer 2

根据Ben Bolker的建议，我使用了ggplot2 :: geom_violin（）并实现了我想要的效果，绘制log10（值），但在Y轴上使用以下标记“值”：

ggplot(mdata, aes(variable, log10(value))) + geom_violin(colour="black",fill="red")
+ scale_y_continuous(
breaks = seq(log10(min(mdata$value)),log10(max(mdata$value)),len=5), 
labels = round(10^(seq(log10(min(mdata$value)),log10(max(mdata$value)),len=5)))
)