Question

我想在行的开头出现时删除此序列：

ATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACTGACCAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG后跟至少3个字符。

应删除序列和多个A，并保留文件的其余部分。

我的输入文件如下所示：

@M00946:3:000000000-A2WF2:1:1101:18115:1962 1:N:0:2
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACTGACCAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAACATTTTCTTTCTTACTTCGTTCACTTTCCACTTCTTTCTCCCTATCTTCCCCCTTCTGTCTGCCCCAGCTGTCTATCCCACTTATTGTCTCCCCCCACTGCCCCACACTCCTACCTTCTTCATCTTCACCTAACACCTCCCGCTCCCTCCTTATCGTCTCTTATCCTTTCCTTGTTCC
+
????????DDDDDDDDGGGGGGHHIIIIHHHIIIIFHIIIH/CGFHHIIIIHEDHHIIIIHI=5EEGFEHHEC+5,,4@,@,,....--..+77,,.6..6.....7.4..7.76=..-5.>.4-)134-.5....-3*))0***1*********10*0**01*1*)''..0***.)0'))*****00*11******01***0****0*)**0)'''...*0)0*11********1****1*0********
@M00946:3:000000000-A2WF2:1:1101:19888:2900 1:N:0:2
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACTGACCAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAAACACAAATACCGTTCCAATATCTTTTTGTTTCATGTCTAATAAC
+
<<??????BB?BBBBBCAFFFCFHF;>EFCDFGFFHFBGHCA=FHA>EFGEE7CF>F?FFHB=?EEGF>>DH5<)++,++,4,,4+=:,,,,5,,,,,,,,),33?,3,3,3,,,,33

我试图使用看起来像这样的脚本replace.sh

file=$1;
adapter_sequence=$2;
sed -r "s/${adapter_sequence}A{3}//" $file

从命令行

：

./ replace.sh file.fastq GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACTGACCAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG

它不起作用。任何脚本语言的任何帮助将不胜感激。

Answer 1

我相信你的$1，$2已经逆转了。喜欢这样：

adapter_sequence=$2
sed "s/$adapter_sequence//" $1

在理想情况下，我想删除所有适配器序列从行首开始，然后至少三个A. 字母，

试试这个sed：

sed -r "s/^${adapter_sequence}A{3,}//" file

正则表达式查找和替换：sed中的bash变量

1 个答案: