Question

我已经提取了一些我曾经在网络x的1.6.1中使用过的代码。在1.8.1上，当写入gml或graphml时，它不起作用。

问题归结为无法在数据字典中写入边缘属性，如下所示：

BasicGraph = nx.read_graphml("KeggCompleteEng.graphml")

for e,v in BasicGraph.edges_iter():
    BasicGraph[e][v]['test'] = 'test'

nx.write_graphml(BasicGraph, "edgeTester.graphml")

导致错误：

AttributeError: 'str' object has no attribute 'items'

当我使用：for e,v,data in BasicGraph.edges_iter(data=True):时，数据打印出来如下：

{'root_index': -3233, 'label': u'unspecified'}
test

AKA新属性在字典之外。

文档说我应该能够像上面那样做。但是，我想我犯了一个愚蠢的错误，并希望被放回正确的道路上！

编辑：

所以我用程序中生成的图形运行程序：BasicGraph = nx.complete_graph(100)它运行正常。

然后我使用引物中的示例graphml文件运行它：BasicGraph = nx.read_graphml("graphmltest.graphml")并且它也有效。（我甚至导入和导出Cytoscape以检查这不是问题）

很明显，这是我正在使用的文件。 Here's指向它的链接，任何人都可以看到它有什么问题吗？

Answer 1

问题是您的图形具有平行边缘，因此NetworkX将其作为MultiGraph对象加载：

In [1]: import networkx as nx

In [2]: G = nx.read_graphml('KeggCompleteEng.graphml')

In [3]: type(G)
Out[3]: networkx.classes.multigraph.MultiGraph

In [4]: G.number_of_edges()
Out[4]: 7123

In [5]: H = nx.Graph(G) # convert to graph, remove parallel edges

In [6]: H.number_of_edges()
Out[6]: 6160

因为边缘的图形对象存储的内部结构是G [node] [node] [key] [attribute] = value（注意多图的额外关键字典级别）。

您正在通过

明确修改结构

for e,v in BasicGraph.edges_iter():
    BasicGraph[e][v]['test'] = 'test'

打破了它。

允许以这种方式修改数据结构，但使用NetworkX API更安全

In [7]: G = nx.MultiGraph()

In [8]: G.add_edge(1,2,key='one')

In [9]: G.add_edge(1,2,key='two')

In [10]: G.edges(keys=True)
Out[10]: [(1, 2, 'two'), (1, 2, 'one')]

In [11]: G.add_edge(1,2,key='one',color='red')

In [12]: G.add_edge(1,2,key='two',color='blue')

In [13]: G.edges(keys=True,data=True)
Out[13]: [(1, 2, 'two', {'color': 'blue'}), (1, 2, 'one', {'color': 'red'})]

Networkx边缘没有正确添加属性

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