我正在使用库XML
blastall
个文件(由NCBIXML
调用产生)
blasthandle = open( blastfile, 'r' )
blast_records = NCBIXML.parse( blasthandle )
for record in blast_records:
get some infos from the record ...
读取文件的速度并不慢,但我想对数据执行一些其他操作(将其保存到文本文件中,将其放入数组中,...)
我可以用来执行此类任务的最佳python结构是什么,目前我正在使用普通数组,但它似乎非常慢,而且由于内存问题,我无法将数据保存到文本文件中< / p>
任何帮助将不胜感激。
修改 我试过这个
blasthandle = open( blastfile, 'r' )
for event, element in ET.iterparse(blasthandle):
for child in element:
print child.tag, child.text
element.clear()
编辑2
由于Martin
,更新库可以解决问题