Question

我想在下面的图中添加另一个复杂程度的颜色编码方案。我想说明所绘制的每个值是否都通过了统计检验。因此，如果点数通过测试，则点数将仅根据百分位数进行颜色编码，否则，我希望点为灰色。

在我从第一篇文章Color code points based on percentile in ggplot收到的所有有用的建议之后，这是我的代码（注意：这是一些组成的数据，但我有真实的数据有更多的条目：

dat <- data.frame(key = c("a1-a3", "a1-a2"), position = 1:100, fst = rlnorm(200, 0, 1), fet = rnorm(200, 0.24, 0.54))

#Get quantiles
quants <- quantile(dat$fst, c(0.95, 0.99))

dat$quant  <- with(dat, factor(ifelse(fst < quants[1], 0,
                                  ifelse(fst < quants[2], 1, 2))))

dat$fisher <- with(dat, factor(ifelse(fet > 1.30102999566398, 0, 1)))

dat$col <- with(dat, factor(ifelse(fet < 1.30102999566398, 3, quant)))

########theme set
theme_set(theme_bw(base_size = 10))

p1 <- ggplot(dat, aes(x=position, y=fst)) +
  geom_point(aes(colour = col, size=0.2)) +
  facet_wrap(~key, nrow = 1) +
  scale_colour_manual(values = c("black", "blue", "red", "grey"), labels = c("0-95", "95-99", "99-100", "fail")) +
  ylab(expression(F[ST])) +
  xlab("Genomic Position (Mb)") +
  scale_x_continuous(breaks=c(0, 1e+06, 2e+06, 3e+06, 4e+06), labels=c("0", "1", "2", "3", "4")) +
  scale_y_continuous(limits=c(0,1)) +
  theme(plot.background = element_blank(),
    panel.background = element_blank(),
    panel.border = element_blank(),
    legend.position="none",
    legend.title = element_blank()
    )

tiff(Fstvalues_colourcode3.tiff", height=2.5, width=6.5, units="in", res = 300, pointsize="10")
p1
dev.off()

我的问题在于：dat $ col＆lt; - with（dat，factor（ifelse（fet＆lt; 1.30102999566398,3，quant）））。我希望它使用$ quant中的值，如果它的$ fet值高于上面列出的值（或fisher == 0），如果它的$ fet值低于，我希望它能够创建一个新的因子（3）。当我查看数据框时，它正在做一些与此不同的事情。任何意见/建议非常感谢！（我对编码很新，我发现因素并不容易使用!!）

Answer 1

是的，你是对的，with(dat, factor(ifelse(fet < 1.30102999566398, 3, quant)))给出了一个意想不到的＆＃39;结果。 no ifelse中的factor返回值被强制转换为与yes返回值（3）相同的类，numeric。看看tail(dat[order(dat$fet), c("fet", "quant", "col")])：

#          fet quant col
# 6   1.202582     0   3
# 40  1.318997     0   1
# 74  1.324552     0   1
# 24  1.415189     1   2
# 38  1.418230     0   1
# 123 1.531584     0   1

对于胎儿＆gt; 1.301（test中的ifelse），＆＃39; col＆＃39;成为1,1,2,1,1，而不是0,0,1,0,0。这样的事情发生了：

# original factor version of quant
quant <- as.factor(0:2)
quant
# [1] 0 1 2
# Levels: 0 1 2

# coerce quant to numeric
as.numeric(quant)
# [1] 1 2 3

比较这两个：

set.seed(1)
df <- data.frame(fet = rnorm(9), quant = factor(0:2))
str(df)
df$col <- with(df, ifelse(fet < 0, 3, quant))
df

set.seed(1)
df <- data.frame(fet = rnorm(9), quant = 0:2)
str(df)
df$col <- with(df, ifelse(fet < 0, 3, quant))
df

因此，请尝试从您创建的factor来电中删除ifelse＆＃39; quant＆＃39;并看看它是否解决了这个问题。

另见8.2.1：http://www.burns-stat.com/pages/Tutor/R_inferno.pdf。

PS。当你说出你的问题时，单个ifelse行就是你的实际问题（而不是绘图部分）。如果是这样，您可能希望隔离此问题并压缩您的问题。

基于百分位数和ggplot中的另一个因素的颜色编码的新复杂性

1 个答案: