Question

我是一名自学成才的Perler，寻求Perl专家的帮助：

我一直收到错误消息称我无法在foreach循环中使用文件句柄，即使我确定close它（或undef它，我也是试过两个）。请在此处查看完整错误： http://cl.ly/image/2b2D1T403s14

代码可在GitHub上找到：https://github.com/bsima/yeast-TRX

有问题的代码可以在第90行的“script.pl”文件中找到：

foreach my $species (keys %Saccharomyces) {
    open(RAW,">./data/$species/$geneName/raw.csv");
        print RAW "gene,dinucleotide,position,trx.score,energy.score\n";
    undef RAW; 
    open(SMOOTH,">./data/$species/$geneName/smooth.csv");
        print SMOOTH "gene,position,trx.score,energy.score\n";
    undef SMOOTH;
}

非常感谢帮助！我不知道Perl如何处理文件句柄的复杂性，可能是因为我缺乏正式的培训。如果有人感觉特别有用，那么对我的整体代码质量的任何评论也是受欢迎的。

编辑：发现问题。 Perl无法动态生成目录，因此永远不会创建$species/$geneName目录。我在foreach循环的开头添加了一行，简单地说mkdir("$species/$geneName");并解决了问题。

Answer 1

您收到的警告非常明确：

使用“严格潜艇”时不允许使用Bareword RAW

此外，undef FILEHANDLE不如close FILEHANDLE。

解决方案是对文件句柄使用常规范围的变量并关闭它们，如下所示：

foreach my $species (keys %Saccharomyces) {
    open my $raw, ">", "./data/$species/$geneName/raw.csv";
    print $raw "gene,dinucleotide,position,trx.score,energy.score\n";
    close $raw;
    open my $smooth, ">", "./data/$species/$geneName/smooth.csv";
    print $smooth "gene,position,trx.score,energy.score\n";
    close $smooth;
}

此外，在尝试写入$raw和$smooth之前，您应该先检查它们是否已打开。

Answer 2

Perl无法动态生成目录，因此甚至都没有创建$species/$geneName目录。我在foreach循环的开头添加了一行，简单地说mkdir("$species/$geneName");并解决了问题。

Perl：通过文件句柄循环

2 个答案: