在R：在system（）问题中的路径中运行bash文件

Question

我正在尝试从内部运行一个bash文件。所以我有以下工作正常：

setwd(path.expand("~/Documents/Rcode/"))

system("ls -F")
system('~/Documents/Rcode/GFR_test/run.sh')

因为我提供了run.sh文件的完整路径，所以这非常正常。但是，在使用长代码和许多bash文件运行时，这会变得乏味。所以我需要为每个sh文件创建一个变量：

myPATH <- "~/Documents/Rcode/GFR_test/"

然后调用run.sh

 system(paste(myPATH, 'run.sh'))

不幸的是，这不起作用，因为我收到错误：

 sh: 1: ~/Documents/Rcode/GFR_test/ : Permission denied

许可问题很奇怪，因为我知道我做对了。你能帮忙吗？感谢

Answer 1

使用paste时，默认分隔符为空格。所以：

paste(myPATH, 'run.sh')

会给：

~/Documents/Rcode/GFR_test/ run.sh

要取消额外空间，您必须向sep=""添加paste()，或者更好地使用具有默认空分隔符的paste0（并且速度更快） ：

paste0(myPATH, 'run.sh')