Question

我有以下xml代码

<?xml version="1.0"?>
<!DOCTYPE pathway SYSTEM "http://www.kegg.jp/kegg/xml/KGML_v0.7.1_.dtd">
<!-- Creation date: Aug 26, 2013 10:02:03 +0900 (GMT+09:00) -->
<pathway name="path:ko01200" >
    <reaction id="14" name="rn:R01845" type="irreversible">
        <substrate id="108" name="cpd:C00447"/>
        <product id="109" name="cpd:C05382"/>
     </reaction>
    <reaction id="15" name="rn:R01641" type="reversible">
        <substrate id="109" name="cpd:C05382"/>
        <substrate id="104" name="cpd:C00118"/>
        <product id="110" name="cpd:C00117"/>
        <product id="112" name="cpd:C00231"/>
     </reaction>
</pathway>

我正在尝试使用以下代码打印基材ID和产品ID，我对于具有多个ID的代码进行了粘贴。试图使用翻斗车来查看数据结构，但我不知道如何继续。我已经在我的解析脚本的其余部分使用了XML simple（这部分是我整个脚本的一小部分），我现在无法改变它

use strict;
use warnings;
use XML::Simple;
use Data::Dumper;
my $xml=new XML::Simple;
my $data=$xml->XMLin("test.xml",KeyAttr => ['id']);
print Dumper($data);
    foreach my $reaction ( sort  keys %{$data->{reaction}} ) {
        print $data->{reaction}->{$reaction}->{substrate}->{id}."\n"; 
        print $data->{reaction}->{$reaction}->{product}->{id}."\n";  

}

这是输出

$VAR1 = {
      'name' => 'path:ko01200',
      'reaction' => {
                    '15' => {
                            'substrate' => {
                                           '104' => {
                                                    'name' => 'cpd:C00118'
                                                  },
                                           '109' => {
                                                    'name' => 'cpd:C05382'
                                                  }
                                         },
                            'name' => 'rn:R01641',
                            'type' => 'reversible',
                            'product' => {
                                         '112' => {
                                                  'name' => 'cpd:C00231'
                                                },
                                         '110' => {
                                                  'name' => 'cpd:C00117'
                                                }
                                       }
                          },
                    '14' => {
                            'substrate' => {
                                           'name' => 'cpd:C00447',
                                           'id' => '108'
                                         },
                            'name' => 'rn:R01845',
                            'type' => 'irreversible',
                            'product' => {
                                         'name' => 'cpd:C05382',
                                         'id' => '109'
                                       }
                          }
                  }
    };
 108
109
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at  line 12.
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at line 13.

Answer 1

首先，不要使用XML :: Simple。很难预测它会从一些XML中产生什么样的确切数据结构，并且它自己的文档提到了it is deprecated。

无论如何，您的问题是您要访问id和product子网格中的substrate字段 - 但reaction其中一个字段不存在subhashes

'15' => {
    'substrate' => {
         '104' => {
             'name' => 'cpd:C00118'
         },
         '109' => {
             'name' => 'cpd:C05382'
         }
     },
     'name' => 'rn:R01641',
     'type' => 'reversible',
     'product' => {
         '112' => {
             'name' => 'cpd:C00231'
         },
         '110' => {
             'name' => 'cpd:C00117'
         }
     }
 },

相反，键是数字，每个值都是包含name的哈希值。另一个reaction具有完全不同的结构，因此将为两者编写特殊情况代码。这就是不应该使用XML::Simple的原因 - 输出只是不可预测的。

输入XML::LibXML。这并不是特别的，但是它实现了像DOM和XPath这样的标准API 来遍历XML文档。

use XML::LibXML;
use feature 'say'; # assuming perl 5.010

my $doc = XML::LibXML->load_xml(file => "test.xml") or die;

for my $reaction_item ($doc->findnodes('//reaction/product | //reaction/substrate')) {
  say $reaction_item->getAttribute('id');
}

输出：

perl XML ::对于重复元素很简单

1 个答案: