大数据的乔木布局

Question

我的数据中有太多节点，我发现使用cytoscape js可视化它们真的不太好。有没有人有类似的问题，或者我的问题有一些解决方案，请参阅我的图表。

http://raven.anr.udel.edu/~sunliang/biolayout1/biolayout2.php?fileName=usrID/id_1380304481_42_gene_iterm.txt

欢迎任何建议和想法。感谢。

Answer 1

像所有强制排列的布局一样，Arbor非常好用，因为它们通常可以生成可接受的布局。但是，它们存在许多问题，包括

• 表现（速度），
• 一致性（即JS不允许您为初始位置设置种子到Math.random()），
• 质量（这只是物理模拟，模拟可能过于复杂，或者不能提供良好的模拟节点位置），
• 等等。

如果您有大型数据集，则应考虑使用其中一种替代布局。广度优先布局通常会产生良好的效果。您还可以自行编写适合您数据的替代布局。这是一个非常简单的过程，在文档中有概述。

http://cytoscape.github.io/cytoscape.js/#extensions/layouts