Question

大家好，我是生物信息学的学生，正在研究gromacs，在准备模拟时，我收到了这个错误

[root @ compute-0-3 bin] #pdb2gmx -f model-317.pdb -water spce

pdb2gmx：加载共享库时出错：libmpi.so.0：无法打开共享对象文件：没有这样的文件或目录**

如何解决这个问题??

Answer 1

您必须设置LD_LIBRARY_PATH，您可以在MPI - error loading shared libraries

上查看更多内容

谢谢＆amp;问候，
Alok Thaker

Answer 2

我发现使用strace -eopen COMMAND查看实际搜索的文件以及打开的返回代码对每个文件都有用。例如：

$ strace -eopen echo foo
open("/etc/ld.so.cache", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
open("/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
open("/usr/lib/locale/locale-archive", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
foo

使用此技巧验证它是否只是设置错误的路径。

也可能未正确安装libmpi.so.0。您可能拥有文件libmpi.so.0.1.2.3，并且您需要运行ldconfig或手动创建从libmpi.so.0到libmpi.so.0.1.2.3的符号链接。详细了解为什么共享库可能会在其中附加不同的数字：http://tldp.org/HOWTO/Program-Library-HOWTO/shared-libraries.html

加载共享库时出错

2 个答案: