Question

我试图将图（G）中的两个节点（称为'V'和'U'）合并为一个节点（V）。

G是779个节点（网站）的超链接网络。每条边代表一个超链接。 V和U实际上是同一个网站，但不幸的是，该网站的网页已分成两个独立的节点。所以我想把它们放回一个节点。

我已经研究过contract.vertices函数，但我无法理解如何在这里进行调整。

以下是我的图表（G）的属性。

> G
IGRAPH D--- 779 3544 -- 
+ attr: Image File (v/c), Ringset (v/n), Country Code TLD (v/n), Generic TLD (v/n), Number of Pages (v/n), Categorical 1 (v/n), Categorical 2 (v/n),
  Categorical 3 (v/n), id (v/c), label (v/c), Width (e/n)

我有两个要合并的节点：

> V(g)$id[8]
[1] "http://www.police.uk/"

和

> V(g)$id[14]
[1] "http://police.uk/"

图中共有779个节点和3544个边。

我希望这两个节点成为图中的单个节点（即它们将具有相同的“id”）。现在，来自/到其他节点的所有链接和外链都将仅指向这个新的单个节点。

所有其他属性将保持不变，但Number of Pages除外（此值将是合并之前两个节点的总和）。

Answer 1

contract.vertices确实是正确的尝试功能，但它的API有点复杂，因为它的设计不仅可以合并一对节点，而且可以在一次通过中合并多对。（它也可以置换顶点）。为此，它需要从旧顶点ID到新顶点ID的映射。

如果您不熟悉顶点ID：igraph使用1到N范围内的整数标识图形的每个顶点，其中N是顶点数。 contract.vertices所需的映射必须是长度为N的列表，其中列表的第i个元素包含与之前的ID 对应的节点的 new ID >合并。

假设您的图表包含10个节点。以下映射向量将简单地将每个节点映射到它已有的相同ID，因此它不会进行任何合并：

c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10)

现在，假设您要将节点7合并到节点4.您必须告诉igraph节点7的 new ID将为4，因此您必须更改第7个元素以上向量到4：

c(1,2,3,4,5,6,4,8,9,10)

这将差不多完成工作;问题是igraph要求节点ID在1到N的范围内，并且由于你仍然有一个ID为10的节点，根据上面的映射，igraph不会删除旧节点7。你在收缩顶点后，可以使用delete.vertices手动删除它，也可以指定不同的映射，不仅将节点7合并到节点4，还将节点8的ID更改为7，节点9更改为8和节点10到9：

c(1,2,3,4,5,6,4,7,8,9)

现在，由于您还希望新节点的Number of Pages属性是两个旧节点的值的总和，您必须告诉igraph在合并期间如何处理顶点属性。 vertex.attr.comb contract.vertices参数用于此目的。在您的情况下，vertex.attr.comb的值应该是这样的：

list("Number of Pages"="sum", "first")

其中"Number of Pages"="sum"表示Number of Pages属性的新值应通过对旧属性值求和来计算，"first"表示对于此处未提及的所有其他属性，新值value应该由合并为单个节点的节点集合中的第一个节点的旧值确定。有关此参数格式的更多详细信息，请参阅R中的?attribute.combination。

如何使用igraph将两个节点合并为一个节点

1 个答案: