Question

我需要创建一个MPI派生类型来表示我的程序中的一个类。该课程相当简单，但规模很大（大约75个数据成员**）。所有数据成员都是单值，一维数组或二维数组。这是一个例子：

class RestartData {
  int dsr;
  double firea2sorgn;
  int ifwoody[NUM_PFT];
  double rootfrac[MAX_ROT_LAY][NUM_PFT];
  ....
  ....
}

我认为使用MPI_Type_struct是合适的。（例如http://www.open-mpi.org/doc/v1.5/man3/MPI_Type_struct.3.php）

我或多或少地遵循这个问题的例子：struct serialization in C and transfer over MPI，但我不知道如何处理2D数组。我可以制作一个包含多个MPI_Type_struct的{{1}}吗？我一直无法找到创建包含2D数组的MPI_Type_vector的示例。我是在正确的方法吗？

提前致谢。

**我认为我理解传递单个大型消息可能存在的问题，但在这种情况下，消息不经常传递，并且在自然同步点（从属数据完成时将数据发送回主服务器））

Answer 1

MPI中的派生类型可以从其他派生类型自由构建，然后用于进一步创建其他派生类型。

2D数组，只要它们在内存中是连续的，就像你的情况一样，与1D数组没有什么不同。对于rootfrac成员，您可以创建具有MAX_ROOT_LAY * NUM_PFT类型MPI_DOUBLE元素的连续数据类型，也可以创建连续的数据类型（让我们称之为t_dbl_pft）使用NUM_PFT类型的MPI_DOUBLE元素，然后使用它来创建另一个具有MAX_ROOT_LAY类型t_dbl_pft元素的连续数据类型。另一个选择是根本不创建数据类型，因为MPI结构类型构造函数为结构的每个元素采用单独的块长度（即元素数量）。

例如，以下类型描述了您显示的数据成员：

#include <cstddef> // for offsetof

MPI_Type t_1d;
MPI_Type_contiguous(NUM_PFT, MPI_DOUBLE, &t_1d);
// No need to commit - this type is not used for communication

MPI_Type t_restart;
int counts[4] = { 1, 1, NUM_PFT, MAX_ROT_LAY };
MPI_Type types[4] = { MPI_INT, MPI_DOUBLE, MPI_INT, t_1d };
MPI_Aint displs[4] = {
   offsetof(RestartData, dsr),
   offsetof(RestartData, firea2sorgn),
   offsetof(RestartData, ifwoody),
   offsetof(RestartData, rootfrac),
};
MPI_Type_create_struct(4, counts, displs, types, &t_restart);
MPI_Type_commit(&t_restart);

// The 1D type is no longer needed
MPI_Type_free(&t_1d);

请注意，您必须在RestartData的成员函数内创建MPI数据类型，或者将类型创建的例程声明为类friend，以便它可以访问私有和受保护的数据成员。另请注意，offsetof仅适用于POD（普通旧数据）类，例如没有花哨的构造函数和像std::string这样的类型的成员。

Answer 2

最简单的方法是将整个对象视为一个大缓冲区：

MPI_Datatype datatype;

MPI_Type_contiguous(sizeof(RestartData), MPI_BYTE, &datatype);
MPI_Type_commit(&datatype);

我没有看到告诉MPI关于你班级内部结构的好处。

或者，2D阵列是一维阵列的阵列。所以（我想）你可以使用每个数组维度调用MPI_Type_contiguous来构建数组数据类型。

MPI，C，派生类型，向量结构？

2 个答案: