我以前很容易从.pdb文件中计算出phi，psi和omega。因为他们的定义相当简单。例如，我知道它们需要四个设置的笛卡尔坐标（四个原子）
phi: C-N-CA-C
psi: N-CA-C-N
omega: CA-C-N-CA
现在我正在尝试计算侧链角度。我知道这类似于phi，psi和omega（因为我每个角度需要4个原子）。但是，我很难读取.pdb文件并确定首先构成侧链的原子是什么？例如，在以下部分中（我去掉了氢，每个残基没有下标一个碳）：
1 N -14.152 0.961 4.712
1 CA -13.296 0.028 3.924
1 O -11.358 1.432 3.941
1 CB -13.571 0.173 2.426
1 CG -15.046 -0.135 2.144
1 SD -16.174 1.270 1.982
1 CE -17.702 0.313 1.823
2 N -11.121 -0.642 4.703
2 CA -9.669 -0.447 4.998
2 O -9.036 -2.736 4.724
2 CB -9.462 -0.447 6.516
2 OG1 -10.399 0.505 7.010
2 CG2 -8.090 0.103 6.896
3 N -7.990 -1.247 3.462
3 CA -7.173 -2.314 2.811
3 O -5.487 -1.663 4.367
3 CB -6.881 -1.930 1.359
3 CG -8.162 -1.388 0.715
3 CD1 -8.594 -0.102 0.975
3 CD2 -8.903 -2.180 -0.135
3 CE1 -9.749 0.380 0.392
3 CE2 -10.057 -1.699 -0.718
3 CZ -10.490 -0.415 -0.457
3 OH -11.645 0.066 -1.038
4 N -5.204 -3.598 3.323
4 CA -3.922 -3.881 4.044
4 O -2.647 -4.537 2.142
4 CB -4.003 -5.297 4.612
4 CG -3.169 -5.399 5.890
4 CD -2.632 -6.837 6.002
4 CE -2.044 -7.084 7.401
4 NZ -2.526 -8.390 7.935
原子之间的前几个角度是这样的：
N-CA-O-CB
CA-O-CB-CG
O-CB-CG-SD
CB-CG-SD-CE
换句话说，我会包括O，SD等原子吗？或者我只按订单A，B，G，D，E，Z（其他任何东西）包含下标？所以我的前几个角度是：
N-CA-CB-CG
CA-CB-CG-CE
CG-CE-N-CA
CE-N-CA-CB