使用“旧”ggplot2代码

Question

我用ggplot 0.8.9制作了很多数字（这就是我还在运行的）。现在我需要修改这些数字以包含图例。我遇到了各种难以解决的问题，因为我对theme和opts以及适用于更高版本的许多SO答案感到非常困惑。

此时，似乎我需要更新ggplot2并重写我的所有代码，以便我可以传说我的数字。 这是真的吗？我已经阅读了ggplot2转换指南，它看似真实。

以下是旧代码的外观（不生成图例）：以下是为了重现性而提供的数据：mean10v2和stderr10。

me10<-read.table("mean10v2.txt", header=TRUE)
se10<-read.table("stderr10.txt", header=TRUE)

ggplot() +
geom_ribbon(aes(x = me10[me10$trt=="CC", "tu"], ymin=(me10[me10$trt=="CC", "biomassA"]-    
  se10[se10$trt=="CC", "biomassA"]), ymax=(me10[me10$trt=="CC",  
  "biomassA"]+se10[se10$trt=="CC", "biomassA"])), alpha=0.25) +
geom_line(aes(me10[me10$trt=="CC", "tu"], y=me10[me10$trt=="CC", "biomassA"]), size=1)+  
geom_ribbon(aes(x = me10[me10$trt=="PF", "tu"], ymin=(me10[me10$trt=="PF", "biomassA"]- 
  se10[se10$trt=="PF", "biomassA"]), ymax=(me10[me10$trt=="PF", 
  "biomassA"]+se10[se10$trt=="PF", "biomassA"])), alpha=0.25) +
geom_line(aes(me10[me10$trt=="PF", "tu"], y=me10[me10$trt=="PF", "biomassA"]), 
  colour="red2", linetype="dashed", size=1) + 
geom_ribbon(aes(x = me10[me10$trt=="P", "tu"], ymin=(me10[me10$trt=="P", "biomassA"]-
  se10[se10$trt=="P", "biomassA"]), ymax=(me10[me10$trt=="P",   
  "biomassA"]+se10[se10$trt=="P", "biomassA"])), alpha=0.25) +
geom_line(aes(me10[me10$trt=="P", "tu"], y=me10[me10$trt=="P", "biomassA"]),    
  colour="blue3", linetype="dotted", size=1) + 
opts(panel.grid.minor = theme_blank()) +
opts(panel.grid.major = theme_blank()) +
opts(panel.background = theme_blank()) +
opts(axis.line = theme_segment()) +
opts(legend.position=c(.5,.5)) +
opts(axis.title.x = theme_text(size=12,vjust=-0.5)) +
opts(axis.title.y = theme_text(size=12,angle=90)) +
opts(axis.text.x = theme_text(colour="black", size=16)) +
opts(axis.text.y = theme_text(colour="black", size=16)) +
annotate("text", x = -Inf, y = Inf, label = "a", face="bold", hjust = -5, vjust=2, size     
  = 9) + 
ylab("") +
xlab("") +
ylim(0,2200)

Answer 1

更新theme部分实际上非常简单。您只需要将opts()更改为theme()并将theme_*替换为element_*。其他一些名称已更改，例如您将使用element_line代替theme_segment。

但更一般地说，你使用的ggplot都错了：

my_df <- me10[,c('trt','tu','biomassA')]
my_se <- setNames(se10[,c('trt','tu','biomassA')],c('trt','tu','se'))

my_df <- merge(my_df,my_se)

ggplot(data = my_df,aes(x = tu,y = biomassA)) + 
    geom_ribbon(aes(group = trt,ymin = biomassA - se,ymax = biomassA + se),alpha = 0.25) + 
    geom_line(aes(group = trt,linetype = trt,colour = trt)) + 
    labs(x = "",y = "") + 
    ylim(0,2200) + 
    theme(panel.grid.major = element_blank(),
          panel.grid.minor = element_blank(),
          panel.background = element_blank(),
          axis.line = element_line(),
          legend.position=c(.5,.5),
          axis.title.x = element_text(size=12,vjust=-0.5),
          axis.title.y = element_text(size=12,angle=90),
          axis.text.x = element_text(colour="black", size=16),
          axis.text.y = element_text(colour="black", size=16)) + 
    annotate("text", x = -Inf, y = Inf, label = "a", face="bold", hjust = -5, vjust=2, size = 9)

注意这是多么清洁，并且将数据放入适当的表单只需要三行。另请注意，绝对没有必要继续为每个......单一......事物重复opts()或theme()调用......你......设置。

然后，如果你想为每个组选择特定的颜色/线型，你可以使用缩放功能那个，而不是单独设置它们：

+ scale_colour_manual(values = c('black','red2','blue3')) + 
  scale_linetype_manual(values = c('solid','dashed','dotted'))