Question

我必须创建一堆包含大量数据点的图表。到目前为止，我一直在将所有这些绘制成一个pdf - 文件：

pdf("testgraph.pdf")  
par(mfrow=c(3,3))

for (i in 2:length(names(mtcars))){
  plot(mtcars[,1], mtcars[,i])
}

dev.off()

但是，对于大量数据点，pdf文件变得太大。由于我对优秀品质不感兴趣，我不在乎我的情节是否是矢量图形。所以我想把这些图创建为png，然后将它们插入到pdf文件中。有没有办法做到这一点，除了创建R图表并将其插入pdf knitr之外（我认为这对于这么简单的工作来说太繁琐了）？

Answer 1

你可以

创建每个情节的.png文件
使用png包来读取这些内容和
使用grid.arrange

library(png)
library(grid)
library(gridExtra)

thePlots <- lapply (2:length(names(mtcars)), function(i) {
  png("testgraph.png")
  plot(mtcars[,1], mtcars[,i])

  dev.off()
  rasterGrob(readPNG("testgraph.png", native = FALSE),
    interpolate = FALSE)
})

pdf("testgraph.pdf")
do.call(grid.arrange, c(thePlots, ncol = 3))
dev.off()

Answer 2

如果问题的根源是图中的点太多，那么您可能需要考虑使用六边形分级而不是常规的散点图。您可以使用bioconductor中的hexbin包，或者ggplot2包也具有六边形装箱功能。无论哪种方式，在直接创建pdf文件时，您可能会获得更有意义的绘图以及更小的文件大小。

Answer 3

您可以使用ImageMagick

将PNG文件转换为PDF

for i in *.png
do
  convert "$i" "$i".pdf
done

并将生成的文件与pdftk连接起来。

pdftk *.png.pdf output all.pdf

将png图写入R中的pdf文件

3 个答案: