Question

我正在学习R，我对R剧本中这些行的结果感到困惑：

myfunction <- function(pdbid,t,d,tabledir) {
    command <- sprintf("sh ../addMeta.sh %s/tool%d-*-data%d-*/%s*.stats-table | tail -n +2",tabledir,t,d,pdbid)
    print(command)
    result <- read.table(pipe(command))
}

上述函数对参数“pdbid”的多个实例运行，如下所示：

t3 <- apply(pdbids, 2, function(x) myfunction(as.character(x),t,d,as.character("somedironmymachine")))

当我运行R脚本时，出现错误：

Error in pipe(command) : invalid 'description' argument

通过Google搜索此消息会让我在Stack Overflow上遇到两个截然不同的问题，并且对此消息的含义没有任何启示。但是，我认为它必须是管道的东西，看看管道中的命令，这就是为什么我在上面打印它，它看起来不错

[1] "sh ../5_runs/addMeta.sh ../5_runs/10-subopts-layers-alltools//tool2-*-data4-*/1DK1*.stats-table | tail -n +2"
[2] "sh ../5_runs/addMeta.sh ../5_runs/10-subopts-layers-alltools//tool2-*-data4-*/1ET4*.stats-table | tail -n +2"
[3] "sh ../5_runs/addMeta.sh ../5_runs/10-subopts-layers-alltools//tool2-*-data4-*/1F1T*.stats-table | tail -n +2"
[4] "sh ../5_runs/addMeta.sh ../5_runs/10-subopts-layers-alltools//tool2-*-data4-*/1I6U*.stats-table | tail -n +2"
[..]

并且每个命令在R之外的命令行上运行都没有问题。

$ sh ../5_runs/addMeta.sh ../5_runs/10-subopts-layers-alltools//tool2-*-data4-*/2GDI*.stats-table | tail -n +2
-> correct result table from addMeta.sh

即使在R内部，如果我用system(command)调用它也可以运行 - 那么pipe有什么问题？此外，在过去，我使用pipe(command)方法用于非常相似（特殊字符，链式命令）命令，并且它按预期工作，但我从未使用它通过apply重复调用。

如何进一步调试此问题？我错误地使用apply了吗？如果是这样，为什么命令输出正确并且运行没有错误？可能是某些转换/数据格式问题？如果是这样，为什么它适用于system()，而不适用pipe()？有没有办法使用system()的输出来读取数据作为解决方法？我不知道R中的pipe()是否有限制？神秘的错误消息invalid 'description' argument到底意味着什么？

命令在R中作为系统调用执行，但不在R中的管道中执行？

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