Question

我有一个很大的txt文件，我正在寻找以物种名称＆＃34; ABS＆＃34;开头的seq id。当我做grep＆＃34; ABS＆＃34;时，我只得到ABS的列表，但不是seq id后面跟着那个词。例如，我正在寻找的列表是这样的：

ABS|contig05671,
ABS|contig04453,
ABS|CL5170Contig1,
ABS|contig02526,

但是，当我这样做时，grep＆＃34; ABS＆＃34; filename.txt，我得到的结果如下：

ABS,
ABS,
ABS,
ABS,

非常感谢任何帮助。提前谢谢。

Answer 1

来自man grep：

Context Line Control
   -A NUM, --after-context=NUM
          Print NUM  lines  of  trailing  context  after  matching  lines.
          Places   a  line  containing  a  group  separator  (--)  between
          contiguous groups of matches.  With the  -o  or  --only-matching
          option, this has no effect and a warning is given.

   -B NUM, --before-context=NUM
          Print  NUM  lines  of  leading  context  before  matching lines.
          Places  a  line  containing  a  group  separator  (--)   between
          contiguous  groups  of  matches.  With the -o or --only-matching
          option, this has no effect and a warning is given.

   -C NUM, -NUM, --context=NUM
          Print NUM lines of output context.  Places a line  containing  a
          group separator (--) between contiguous groups of matches.  With
          the -o or --only-matching option,  this  has  no  effect  and  a
          warning is given.

因此，如果您需要匹配的行和下一行，则执行grep -A1 ABS file.txt，对于前一行-B1也类似。

但是，如果要以另一种方式格式化结果（例如，将两行放在一个上并用管道符分隔），则需要使用与grep不同的工具。 grep会进行搜索，而您也需要进行编辑。

需要一个grep命令来执行此任务

1 个答案: