Question

我想循环遍历多个文件并将功能应用于它们。问题是这些文件都是不同的，但命名相似的目录。通路模式类似，但数量根据它所属的家庭而变化。

例如，我的代码编写如下：

for(i in 1:numfiles) {
    olddata <- read.table(paste("/home/smith/Family", i, "/Family", i, ".txt", sep="\t"),
                          header=T)      
    # FUNCTION GOES HERE

    write.table(newdata,
                paste("/home/smith/Family", i, "/Family", i, "test.txt",
                      sep = ",", quote=F, row.names=F)
}

我遇到的问题是家庭号码不按数字顺序排列。有些标签只标有数字（例如：2），其他标签上附有一个字母（例如：1a）

在每个家庭子目录（即家庭i）中，我想要在同一个文件中调用（文件名完全相同，但数字（i）根据它所指的家族而改变）。我想循环这些特定的文件。例如......对于家庭1a，文件在这里：“/ home /smith / Family1a / Family1a.txt”但是对于家庭2，文件在这里：“/ home /smith / Family2 / Family2.txt”。

此外，R不喜欢我使用numfiles。

Answer 1

查看?list.files和?dir，例如：

files <- list.files("/home/smith", pattern="Family[[:alnum:]]+.txt", recursive=TRUE, full.names=TRUE)

for (currentFile in files) {
  olddata <- read.table(currentFile, header=TRUE)
  ## some code
  write.table(newdata, file=sub(pattern=".txt$", replacement="test.txt", x=currentFile))
}

或者：

dirs <- dir("/home/smith", pattern="Family[[:alnum:]]+$")

fileName <- file.path(dirs, paste0(dirs, ".txt"))
testFileName <- file.path(dirs, paste0(dirs, "_test.txt"))

for (i in seq(along=fileName))

  olddata <- read.table(fileName[i], header=TRUE)
  ## some code
  write.table(newdata, file=testFileName[i])
}

如何循环不同目录中的文件

1 个答案: