Question

在我的网络应用程序中，我有这段代码：

from rdkit import Chem

这导致它在apache下崩溃，在我可以看到的日志中：

[Fri Sep 06 10:35:44 2013] [error] [client 172.22.69.51] ImportError: libRDGeneral.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory

看起来这个问题是由LD_LIBRARY_PATH引起的，但是我把它设置在我的wsgi.py文件中：

os.environ['LD_LIBRARY_PATH']='/usr/lib/oracle/11.2/client64/lib:/nfs/public/rw/chembl/utils/RDKit_2012_09_1/lib:/nfs/public/rw/chembl/utils/indigo/lib/Linux/x64/'

以及VirtualHost apache conf：

<VirtualHost *:8787>
    ...
SetEnv LD_LIBRARY_PATH /usr/lib/oracle/11.2/client64/lib:/nfs/public/rw/chembl/utils/RDKit_2012_09_1/lib:/nfs/public/rw/chembl/utils/indigo/lib/Linux/x64/
</VirtualHost>

我可以在同一台机器上从命令行运行它没有问题：

(chembl_webservices)-bash-4.1$ export PYTHONPATH=/nfs/public/rw/chembl/utils/RDKit_2012_09_1/
(chembl_webservices)-bash-4.1$ export LD_LIBRARY_PATH=/nfs/public/rw/chembl/utils/RDKit_2012_09_1/lib
(chembl_webservices)-bash-4.1$ /nfs/public/rw/chembl/utils/virtualenvs/ldc/envs/chembl_webservices/bin/python
Python 2.7.5 (default, Aug  5 2013, 17:00:57) 
[GCC 4.4.6 20120305 (Red Hat 4.4.6-4)] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
import rdkit
from rdkit import Chem

当然我可以让我的脚本打印LD_LIBRARY_PATH的实际值，所以我知道它设置正确，文件和路径存在，权限很好：

ls /nfs/public/rw/chembl/utils/RDKit_2012_09_1/lib -lh
-rwxr-xr-x 1 cbl_adm cbl_pub 406K Aug  8 11:13 libRDGeneral.so.1.2012.09.1

我可以运行ldd libRDGeneral.so.1.2012.09.1以查看是否满足所有依赖项：

linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fff397ff000)
libstdc++.so.6 => /usr/lib64/libstdc++.so.6 (0x00007f096ecd5000)
libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x00007f096ea50000)
libgcc_s.so.1 => /lib64/libgcc_s.so.1 (0x00007f096e83a000)
libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00007f096e4a7000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007f096f22d000)

那有什么不对？我还可以做些什么？我该怎么调试呢？请帮忙。

Answer 1

启动Apache时，必须在Apache进程外部的环境中设置LD_LIBRARY_PATH。在Apache启动后，它无法在Web应用程序中设置。

您应该做的是重新编译rdkit模块并设置：

LD_RUN_PATH=/nfs/public/rw/chembl/utils/RDKit_2012_09_1/lib

在编译环境时。在Python C扩展模块的编译时设置LD_RUN_PATH将导致该目录嵌入到Python C扩展模块中，以便它知道在运行时在何处找到库而不需要设置LD_LIBRARY_PATH。

apache不尊重LD_LIBRARY_PATH？

1 个答案: