Question

我是R和stackoverflow的新手，所以如果问题或格式不理想我很抱歉......

我正在尝试使用ddply从矩阵中获取一些基本统计信息，我想通过使用for -loop使进程更快一些。不幸的是，这并不像我想象的那么容易......

Strain  gene1         gene2      gene3  .   .   .
 A    2.6336700     1.42802     0.935742
 A    2.0634700     2.31232     1.096320
 A    2.5798600     2.75138     0.714647
 B    2.6031200     1.31374     1.214920
 B    2.8319400     1.30260     1.191770
 B    1.9796000     1.74199     1.056490
 C    2.4030300     1.20324     1.069800
 .
 .
 .
----------

for (n in c("gene1","gene2","gene3","gene4")) {
  summary <- ddply(Data, .(Strain), summarise,
                mean = mean(n),
                sd   = sd(n),
                se   = sd(n) / sqrt(length(n)) )
}

在结果中，它表示平均值= 6，sd和se都是“NA”......显然不是我想到的。

如果我摆脱for -loop并手动插入列名（“gene1”）：

summary <- ddply(Data, .(Strain), summarise,
              mean = mean(gene1),
              sd   = sd(gene1),
              se   = sd(gene1) / sqrt(length(gene1)) )

现在它似乎给了我正确的结果。有人可以告诉我这个问题并告诉我我做错了什么吗？

Answer 1

只需使用colwise (mean)，colwise(sd)和colwise(length)即可。无需for loop

library(plyr)

ddply(mtcars,.(cyl), colwise(mean))



cyl      mpg     disp        hp     drat       wt     qsec        vs        am     gear     carb
1   4 26.66364 105.1364  82.63636 4.070909 2.285727 19.13727 0.9090909 0.7272727 4.090909 1.545455
2   6 19.74286 183.3143 122.28571 3.585714 3.117143 17.97714 0.5714286 0.4285714 3.857143 3.428571
3   8 15.10000 353.1000 209.21429 3.229286 3.999214 16.77214 0.0000000 0.1428571 3.285714 3.500000

对于你的例子，

ddply(df,.(Strain),colwise(mean))

Answer 2

我知道你没有要求它，但这是aggregate中base的解决方案。

# One line in base.
aggregate(Data[paste0('gene',1:3)],by=Data['Strain'],
     function(x) c(mean=mean(x),sd=sd(x),se=sd(x)/sqrt(length(x))))

Answer 3

你可以使用ddply来完成它，但是你必须首先将命令转换为字符串，然后通过计算字符串来创建变通方法。

all.genes <- c("gene1","gene2","gene3","gene4")
for (i in 1:length(all.genes) {
    string_eval <- sprintf("summary <- ddply(Data, .(%s), summarise, 
                mean = mean(n),
                sd   = sd(n),
                se   = sd(n) / sqrt(length(n)))", 
                all.genes[i]) 
    eval(parse(text = string_eval)) 
}

我刚刚使用了你的代码，但是这个循环会在每一轮都覆盖摘要。我和你有同样的问题，所以我只是想让你知道我最终使用的解决方案。

R：用ddply进行for循环

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