存储在java中的多序列文件

Question

我有包含60列和182行的序列文件。序列是正常的DNA序列，如A，C，T，G，并且还包含 - 进入其中。我应该用什么来存储和检索它？拥有String类概念或其他东西会有用吗？

import java.io.*;
public class file 
{
public static void main(String args[]) throws Exception 
{
file fl=new file("FASTA71_5");
FileReader fr=new FileReader(fl);
BufferedReader br=new BufferedReader(fr);
String s;
while((s=br.readLine())!=null) 
{
System.out.println(s);
//System.out.println(s.replace("-","0").replace("G","1")); 
}
//System.out.println(s.replace("-","0").replace("G","1")); } } `enter code here`

Answer 1

使用清单。在每个列表元素中，您应该保持不同的顺序。

http://docs.oracle.com/javase/6/docs/api/java/util/ArrayList.html