Question

我们有时间序列数据，其中测量了几个受试者的重复观察结果。我想计算每个主题（变量positive == 1）变量id出现的次数。

第二个目标是确定positive == 1的连续观测的最大长度。对于每个受试者，在研究期间可能存在多次运行。我不想计算每个受试者的连续阳性观察的最大数量，而是计算个体运行中的最大游程长度。

这是一个说明问题的玩具数据集：

set.seed(1234) test <- data.frame(id = rep(1:3, each = 10), positive = round(runif(30,0,1))) test$run <- sequence(rle(test$positive)$lengths) test$run_positive <- ifelse(test$positive == '0', '0', test$run) test$episode <- ifelse(test$run_positive == '1', '1', '0') count(test$episode) x freq 1 0 25 2 1 5

上面的代码接近回答我的第一个问题，其中我试图计算正面剧集的数量，但它不受主题的限制。这具有计算对象＃1的最后观察和在同一运行中对对象＃2的第一次观察的不幸效果。任何人都可以帮我开发代码来调整主题的运行长度编码吗？

其次，如何只为positive == 1的每次运行提取最大运行长度？我想添加一个附加列，其中只记录最大运行长度的观察值。对于主题＃1，这看起来像：

id positive run run_positive episode max_run 1 1 0 1 0 0 0 2 1 1 1 1 1 0 3 1 1 2 2 0 0 4 1 1 3 3 0 0 5 1 1 4 4 0 0 6 1 1 5 5 0 5 7 1 0 1 0 0 0 8 1 0 2 0 0 0 9 1 1 1 1 1 0 10 1 1 2 2 0 2

如果有人能想出办法来做到这一点，我将非常感激。

Answer 1

我认为这回答了你的第一个问题：

aggregate(positive ~ id, data = test, FUN = sum)

  id positive
1  1        7
2  2        4
3  3        4

这可能会回答您的第二个问题，但我需要查看每个id要查看的结果：

set.seed(1234)
test <- data.frame(id = rep(1:3, each = 10), positive = round(runif(30,0,1)))
test$run <- sequence(rle(test$positive)$lengths)
test$run_positive <- ifelse(test$positive == '0', '0', test$run)
test$episode <- ifelse(test$run_positive == '1', '1', '0')

test$group <- paste(test$id*10, test$positive, sep='')

my.seq <- data.frame(rle(test$group)$lengths)
test$first <- unlist(apply(my.seq, 1, function(x) seq(1,x)))
test$last  <- unlist(apply(my.seq, 1, function(x) seq(x,1,-1)))

test$max <- ifelse(test$last == 1 & test$positive==1, test$run, 0)
test

   id positive run run_positive episode group first last max
1   1        0   1            0       0   100     1    1   0
2   1        1   1            1       1   101     1    5   0
3   1        1   2            2       0   101     2    4   0
4   1        1   3            3       0   101     3    3   0
5   1        1   4            4       0   101     4    2   0
6   1        1   5            5       0   101     5    1   5
7   1        0   1            0       0   100     1    2   0
8   1        0   2            0       0   100     2    1   0
9   1        1   1            1       1   101     1    2   0
10  1        1   2            2       0   101     2    1   2
11  2        1   3            3       0   201     1    2   0
12  2        1   4            4       0   201     2    1   4
13  2        0   1            0       0   200     1    1   0
14  2        1   1            1       1   201     1    1   1
15  2        0   1            0       0   200     1    1   0
16  2        1   1            1       1   201     1    1   1
17  2        0   1            0       0   200     1    4   0
18  2        0   2            0       0   200     2    3   0
19  2        0   3            0       0   200     3    2   0
20  2        0   4            0       0   200     4    1   0
21  3        0   5            0       0   300     1    5   0
22  3        0   6            0       0   300     2    4   0
23  3        0   7            0       0   300     3    3   0
24  3        0   8            0       0   300     4    2   0
25  3        0   9            0       0   300     5    1   0
26  3        1   1            1       1   301     1    4   0
27  3        1   2            2       0   301     2    3   0
28  3        1   3            3       0   301     3    2   0
29  3        1   4            4       0   301     4    1   4
30  3        0   1            0       0   300     1    1   0

按主题ID计算运行长度序列和最大值

1 个答案: