Question

我是python的新手，非常感谢你的帮助。

我有这个脚本，它按序列中的每三个碱基计数，直到它识别终止密码子，然后中断并返回该值。这适用于每个阅读框0，+ 1，+ 2。

我希望它在脚本运行到序列末尾之前返回值0，然后才能识别终止密码子。目前，脚本为count0返回18，当序列结束时，应该为0，然后才能找到“TAG”或“TAA”

感谢任何帮助！

seq="TCATTCTaTTTAAAAAAatATAAAaGGGgTTTTGGGgTTTtGGGGTTTtGGGG"

stop_codons = ["TAG", "TAA"]
count0 = 0
n = 0
while n < len(seq):
    if seq[n:n+3] in stop_codons:
        break
    count0 += 1
    n += 3
print count0      

count1 = 0
n = 1
while n < len(seq):
    if seq[n:n+3] in stop_codons:
        break
    count1 += 1
    n += 3
print count1      

count2 = 0
n = 2
while n < len(seq):
    if seq[n:n+3] in stop_codons:
        break
    count2 += 1
    n += 3
print count2

结果：

18
3
6

Answer 1

一个简单的解决方法就是做这样的事情。不过你应该考虑重构你的代码。

stop_codons = ["TAG", "TAA"]
count0 = 0
n = 0
found = False
while n < len(seq):
    if seq[n:n+3] in stop_codons:
        found = True
        break
    count0 += 1
    n += 3

if not found:
    count0 = 0

Answer 2

我建议将迭代代码推送到函数中：

def get_codon_index(seq, start_idx):
    count = 0
    n = start_idx
    while n < len(seq):
        if seq[n:n+3] in stop_codons:
            return count
        count += 1
        n += 3
    return -1

这样可以节省引入布尔标志和避免代码重复的工作。

我返回-1而不是0，因为0可能是密码子的实际索引（如果密码子位于序列的开头）。

Answer 3

您搜索终止密码子，如果找到它，它会过早地退出循环。但是否则，它运行完整的循环，在n == len(seq)时退出循环，然后仍然打印计数。

两种解决方案：

只有在找到终止密码子时打印：

count1 = 0
n = 1
while n < len(seq):
    if seq[n:n+3] in stop_codons:
        print count1
        break
    count1 += 1
    n += 3

或设置stopped标志：

count1 = 0
n = 1
stopped = False
while n < len(seq):
    if seq[n:n+3] in stop_codons:
        stopped = True
        break
    count1 += 1
    n += 3
if stopped:
    print count1

Answer 4

seq="TCATTCTaTTTAAAAAAatATAAAaGGGgTTTTGGGgTTTtGGGGTTTtGGGG"
stop_codons = ["TAG", "TAA"]

def printcount(seq, stop_codons, start):
    found = False
    count = 0
    n = start
    while n < len(seq):
        if seq[n:n+3] in stop_codons:
            found = True
            break        
        count += 1
        n += 3
    print count if found else 0

printcount(seq, stop_codons, 0)
printcount(seq, stop_codons, 1)
printcount(seq, stop_codons, 2)

Answer 5

此代码将遍历您的序列并在找到TAA或TAG序列返回终止密码子的第一个字符的位置时停止

seq="TCATTCTaTTTAAAAAAatATAAAaGGGgTTTTGGGgTTTtGGGGTTTtGGGG"

list = ["z", "z", "z"] # otherwise the list will not be of 3 characters
i = 0

for letter in seq:
    list.pop(0)
    list.append(letter)
    codon = "".join(list)
    i = i + 1
    if codon == "TAG" or codon == "TAA":
        print i - 2 # to print the position of T
        break

Answer 6

帮助自己，不要重新发明轮子，特别是BioPython免费提供并广泛使用时。

使用python计算值之间的距离

6 个答案: