Question

我有一个技术问题，看起来，我自己无法解决。我使用 mcmcglmm 包进行了估算。通过结果$ Sol我可以访问估计的后验分布。应用 class（）告诉我该对象属于＆＃34; mcmc＆＃34;。使用 as.data.frame（）会产生嵌套数据帧，其中包含其他数据帧（一个数据帧包含许多其他数据帧）。我想 rbind（）主数据框内的所有数据帧，以便生成一个数据帧（或者更确切地说是一个向量），其中包含所有后验分布的所有值和（次要）的名称数据框作为rowname。，任何想法？每一个提示我都会感激不尽！

更新：我没有设法为stackoverflow生成有用的数据集，所有这些采样链的这些数据集总是太大。如果您想帮助我，请考虑运行以下（示范）模型

require(MCMCglmm)
data(PlodiaPO)
result <- MCMCglmm(PO ~ plate + FSfamily, data = PlodiaPO, nitt = 50, thin = 2, burn = 10, verbose = FALSE)

result $ Sol（一个mcmc对象）是存储所有链的地方。我想rbind所有链，以便拥有一个包含所有后验分布的所有值的变量，并将变量名称作为rownames（或者因为不允许重复的rownames作为附加的字符向量）。

Answer 1

我不能（使用来自MCMCglmm的示例代码）构建一个示例，其中as.data.frame（model $ Sol）为我提供了数据帧的数据框。因此，虽然可能有一个简单的答案，但我不能轻易地检查它。

那就是说，这是一个可能有帮助的例子。请注意，如果您的子数据帧没有相同的名称，那么这将无效。

# create a nested data.frame example to work on
a.df <- data.frame(c1=runif(10),c2=runif(10))
b.df <- data.frame(c1=runif(10),c2=runif(10))
full.df <- data.frame(1:10)
full.df$a <- a.df
full.df$b <- b.df
full.df <- full.df[,c("a","b")]

# the solution
res <- do.call(rbind,full.df)

修改

好的，使用你的新例子，

require(MCMCglmm) data(PlodiaPO) result<- MCMCglmm(PO ~ plate + FSfamily, data=PlodiaPO,nitt=50,thin=2,burn=10,verbose=FALSE) melt(do.call(rbind,(as.data.frame(result$Sol))))

嵌套数据框架

1 个答案: