从字典中提取值的一部分

时间:2013-09-02 21:48:03

标签: python dictionary bioinformatics

我有一个包含基因序列的字典。序列数据存储为值,基因名称为关键字。即:HDC:AATGCAGACCTTACGTAA

现在我应该为第二个和第二个到最后一个核苷酸分配变量。 我这样做了如下:

HDCList = dict['HDC']
start = HDCList[1]
stop = HDCList[16]

不确定是否需要将值复制为列表。 此外,我试图使用这些变量来提取其间的所有内容(包括开始和停止位置)。我不知道如何处理这个问题。通常情况下,我认为你可以将列表切片,但考虑到我们必须使用变量'start'和'stop',我不知道该怎么做。

1 个答案:

答案 0 :(得分:1)

您可以像列表一样切割字符串。您还可以使用从右侧开始计算的负面索引:

>>> s = "AATGCAGACCTTACGTAA"
>>> s[1]
'A'
>>> s[-2]
'A'
>>> start = 1
>>> stop = -2
>>> s[start: stop+1]
'ATGCAGACCTTACGTA'

详细了解documentation中的切片。

希望这是你想要的。