尝试使用Rcpp编译c ++ 11时出现g ++错误

时间:2013-08-26 21:18:13

标签: c++ r gcc c++11 rcpp

系统规范:

  • 操作系统 - Mac OS X 10.6.8(Snow Leopard)
  • g ++ - Macports gcc 4.8.1_2 + universal
  • R - 2.15.3
  • Rcpp - 0.10.3

当我尝试编译在R中使用C ++ 11的函数(通过Rcpp)时,我一直收到错误 - 由于某种原因,g ++无法识别-std=c++11选项。

此示例取自Rcpp帮助文件(它不包含任何特定于C ++ 11的内容,但可以显示我的问题)。如果我试着跑:

require( Rcpp )
Sys.setenv( "PKG_CXXFLAGS"="-std=c++11" )
cppFunction(plugins=c("cpp11"), '
int useCpp11() {
    int x = 10;
    return x;
}')

我明白了:

cc1plus: error: unrecognized command line option "-std=c++11"
make: *** [file61239328ae6.o] Error 1
g++ -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include/x86_64 -DNDEBUG  -I/usr/local/include  -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include"   -std=c++11  -fPIC  -g -O2  -c file61239328ae6.cpp -o file61239328ae6.o 
Error in sourceCpp(code = code, env = env, rebuild = rebuild, showOutput = showOutput,  : 
  Error 1 occurred building shared library.

同时,我可以直接从bash编译此函数 - 如果此代码在useCpp11.cpp文件中,则运行时没有任何抱怨:

g++ useCpp11.cpp -std=c++11

当然,我做错了什么,但我无法弄清楚它是什么。 gcc 4.8被设置为bash中的默认编译器,Rcpp过去一直没有出错。我怀疑我不是在告诉R使用哪个版本的g ++ - 可能就是这种情况吗?

3 个答案:

答案 0 :(得分:11)

Kevin Ushley绝对正确 - 确保正确使用正确编译器的最简单方法是通过Makevars文件。就我而言,我补充道:

CXX = g++-4.8.1
PKG_CXXFLAGS = -std=c++11

这是我一直缺少的 - 之后一切都奏效了。如果您正在编译包,则此方法有效。

答案 1 :(得分:7)

快速的:

因此,请允许我引用C++11 piece on the Rcpp Gallery

R> library(Rcpp)
R> sourceCpp("/tmp/cpp11.cpp")
R> useAuto()
[1] 42
R> 

/tmp/cpp11.cpp中的代码如下:

#include <Rcpp.h>

// Enable C++11 via this plugin (Rcpp 0.10.3 or later)
// [[Rcpp::plugins("cpp11")]]

// [[Rcpp::export]]
int useAuto() {
    auto val = 42;      // val will be of type int
    return val;
}

如果这对您不起作用,那么您的系统设置不正确。换句话说,这不是Rcpp标签的问题 - 而是'如何设置我的路径来调用我认为应该调用的g ++版本'。

答案 2 :(得分:1)

如果您不想修改路径,可以在编译之前设置PKG_CXXFLAGS环境变量。

     export PKG_CXXFLAGS='`Rscript -e "Rcpp:::CxxFlags()"` -std=c++11'

例如:

R

#generate the bare Rcpp package as usual
library(Rcpp)
Rcpp.package.skeleton("Foo",
                      example_code=FALSE,
                      attributes=TRUE,
                      cpp_files=c("./Foo_R_wrapper.cpp", "./Foo.h", "/Foo.cpp")
                     )    

Bash

#tell the compiler to use C++11
export PKG_CXXFLAGS='`Rscript -e "Rcpp:::CxxFlags()"` -std=c++11'

#compile as usual
cd ./Foo/;
R -e 'Rcpp::compileAttributes(".",verbose=TRUE)';
cd ..;

R CMD build Foo;
#ensure that there are no bugs
R CMD check Foo;

其中 Foo_R_wrapper.cpp 包装了一个C ++函数FooBar,分别在 Foo.h Foo.cpp 中定义和实现。

Foo_R_wrapper.cpp 可能包含以下内容:

#include <Rcpp.h>                                   

#include "Foo.h"                                    

// [[Rcpp::export]]                                 
SEXP FooBar(SEXP baa)
{                                                   
    Rcpp::NumericVector baa_vec(baa)
    //Do something from Foo.h (to baa_vec?)
    ...
    //etc
    return baa_vec;
}