Question

我有一个由我创建的ruby脚本创建的fasta文件;但是，它有许多重复的序列，它们处于不同的序列ID下，我想要压缩文件，以便我可以从中获取...

输入fasta文件中的

数据（example.fa）

>isotig00009_f3.4.1 
ITLKPCGVPFSCCIPDQASGVANTQCGYGVRSPEQQNTFHTKIYTTGCADMFTMWINRYLYYIAGIAGVIVLVELFGFCFAHSLINDIKRQKARWAHR
>isotig00037_f3.1.1 
KLSLIVVNHSMVASKFERVILAYTSIIIEVSPAKRRRNGKILRKNTIRFRWQTFRILSAFTVVTFSKMMTQKI
>isotig00045_f1.15.3
YKINKRP
>isotig00046_f3.15.3
YKINKRP
>isotig00047_f3.15.3
YKINKRP
>isotig00048_f1.15.3
YKINKRP
>isotig00049_f1.15.3
YKINKRP
>isotig00050_f2.15.3
YKINKRP
>isotig00051_f1.15.3
YKINKRP

到此（在输出文件中 - output.fa）...

>isotig00009_f3.4.1 
ITLKPCGVPFSCCIPDQASGVANTQCGYGVRSPEQQNTFHTKIYTTGCADMFTMWINRYLYYIAGIAGVIVLVELFGFCFAHSLINDIKRQKARWAHR
>isotig00037_f3.1.1 
KLSLIVVNHSMVASKFERVILAYTSIIIEVSPAKRRRNGKILRKNTIRFRWQTFRILSAFTVVTFSKMMTQKI
>isotig00045_f1.15.3 : isotig00046_f3.15.3 : isotig00047_f3.15.3 : isotig00048_f1.15.3 : isotig00049_f1.15.3 : isotig00050_f2.15.3 : isotig00051_f1.15.3
YKINKRP

我制作了一个小脚本，它取出了一个序列的副本，但尽管尝试了很长一段时间，我似乎无法为每个序列添加任何seq ID。我试过的一件事不起作用（参见下面的评论部分），是尝试提取独特的序列，然后拉出sequence_IDs ......

这是我正在使用的脚本：

#!/usr/bin/env ruby

filename = "./example.fa"
text = File.read(filename)

def seq_uniq(input, output)
    parser = /^>.*\n(.*)/i
    seq_id_parser = /^(>.*)\n(.*)/i
    file = File.new("#{output}", "w")
    input.scan(parser).uniq.each do |seq|
        file.puts seq
#        input.scan(seq_id_parser) do |seq_id, seq_actual|
#           if seq_actual == seq
#               file.puts seq_id
#           end
#        end
    end
    file.close
end


seq_uniq(text, "./output.fa")

如果有人能指出我正确的方向，我将非常感激。由于这需要嵌入到生成html网页的大型ruby脚本中，如果你只使用ruby（或

），我将非常感激。

编辑：

为了澄清，我想要将fasta文件展平以放入所有Seq。在一行上标识相同序列的ID（以:)分隔，然后在下一行上显示序列。

非常感谢

Answer 1

您可以阅读fasta文件并创建“sequence =＆gt;具有相同序列的ID列表”的哈希值。请注意，此解决方案假定输入文件每行只有单个ID，如果有多个，则需要改进解析器：

def uniq_sequences(input)
  ids_by_sequence = {}
  input.split(/\n/).each_slice(2) do |id, sequence|
    id = id.gsub(/^>\s*/,'') # Remove the leading ">".
    ids_by_sequence[sequence] = [] unless ids_by_sequence[sequence]
    ids_by_sequence[sequence] << id # Store all ids with the same sequence.
  end
  # Return a string of aggregated ids per same sequence.
  ids_by_sequence.map do |sequence, ids|
    ">#{ids.join(' : ')}\n#{sequence}"
  end.join("\n")
end

puts uniq_sequences(File.read('./example.fa'))

在您的样本输入上，您应该得到以下输出：

>isotig00009_f3.4.1 
ITLKPCGVPFSCCIPDQASGVANTQCGYGVRSPEQQNTFHTKIYTTGCADMFTMWINRYLYYIAGIAGVIVLVELFGFCFAHSLINDIKRQKARWAHR
>isotig00037_f3.1.1 
KLSLIVVNHSMVASKFERVILAYTSIIIEVSPAKRRRNGKILRKNTIRFRWQTFRILSAFTVVTFSKMMTQKI
>isotig00045_f1.15.3 : isotig00046_f3.15.3 : isotig00047_f3.15.3 : isotig00048_f1.15.3 : isotig00049_f1.15.3 : isotig00050_f2.15.3 : isotig00051_f1.15.3
YKINKRP

展平fasta文件

1 个答案: