Pytables HDF5 ImportError无法打开共享对象文件

Question

在IPython中的Ubuntu 13.04中导入PyTable时出现以下错误：

In [1]: from tables import *
---------------------------------------------------------------------------
ImportError                               Traceback (most recent call last)
<ipython-input-1-4c3ea368be2a> in <module>()
----> 1 from tables import *

/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/tables/__init__.py in <module>()
     80 
     81 # Necessary imports to get versions stored on the cython extension
---> 82 from tables.utilsextension import (get_pytables_version, get_hdf5_version,
     83     getPyTablesVersion, getHDF5Version)  # Pending Deprecation!
     84 

ImportError: libhdf5.so.8: cannot open shared object file: No such file or directory

我已采取以下行动：

• 正确设置LD_LIBRARY_PATH和PATH环境变量，并通过回显它们的值来验证它们是否指向正确的路径。
• 确保文件libhdf5.so.8在路径
中可用
• 开设新终端
• 在终端中，我已经执行了源/ etc / environment并在这些文件中设置了变量。
• 使用ipython命令启动ipython控制台

感谢您的帮助。

Answer 1

您的问题是pytables包是针对libhdf5.so.8编译的，目前在ubuntu存储库中只有libhdf5-7 :(此外，updates中没有任何内容:(

13.04的Ubuntu存储库充满了不满意的依赖关系:(我真的不知道Ubuntu发生了什么，但目前状态很糟糕。目前，如果你安装它，你甚至无法安装g ++。： - /

我建议您安装Anaconda或Canopy。它们都是Python的独立二进制发行版，它具有为您预编译的所有科学库，因此您不需要任何其他依赖库。他们运送整个东西。

我最终使用了Anaconda，因为他们的包经理（conda）非常漂亮。