Question

我正在尝试使用RcppArmadillo软件包的最新功能（版本0.3.910.0，R 3.0.1和evrerything为最新版本）将稀疏矩阵从Matrix软件包（类“dgCMatrix”）转换为sp_mat类型的犰狳。我正在使用文件“RcppArmadilloExtensions / spmat.h”中的“as”和“wrap”函数。不幸的是，我在尝试创建共享库时遇到编译错误.so在调用“R CMD INSTALL myRpackage”时。

以下是重现错误的最小示例：

我用RcppArmadillo.package.skeleton（）
我使用相应的头文件.h定义了2个.cpp文件，以执行从R导入的稀疏矩阵的和和乘积，如下所示：

文件“arma_sp_sum.h”

#ifndef _anRpackage_ARMA_SP_SUM_H
#define _anRpackage_ARMA_SP_SUM_H

#include <RcppArmadilloExtensions/spmat.h>

RcppExport SEXP arma_sp_prod(SEXP SPMAT) ;

#endif

文件“arma_sp_sum.cpp”

#include "arma_sp_sum.h"
using namespace Rcpp ;

SEXP arma_sp_sum(SEXP SPMAT){

  arma::sp_mat m1 = Rcpp::as<arma::sp_mat>(SPMAT) ;
  arma::sp_mat m2 = Rcpp::as<arma::sp_mat>(SPMAT) ;

  arma::sp_mat res = m1 + m2;
  return Rcpp::wrap(res) ;
}

文件“arma_sp_prod.h”

#ifndef _anRpackage_ARMA_SP_PROD_H
#define _anRpackage_ARMA_SP_PROD_H

#include <RcppArmadilloExtensions/spmat.h>

RcppExport SEXP arma_sp_prod(SEXP SPMAT) ;

#endif

文件“arma_sp_prod.cpp”

#include "arma_sp_prod.h"

using namespace Rcpp ;

SEXP arma_sp_prod(SEXP SPMAT){

  arma::sp_mat m1 = Rcpp::as<arma::sp_mat>(SPMAT) ;
  arma::sp_mat m2 = Rcpp::as<arma::sp_mat>(SPMAT) ;

  arma::sp_mat res = m1 * m2;
  return Rcpp::wrap(res) ;
}

然后，当运行$ R CMD INSTALL anRpackage $时，编译器会连续创建“.o”文件但是我得到以下ld错误：

ld: duplicate symbol arma::SpMat<double> Rcpp::as<arma::SpMat<double> >(SEXPREC*)in arma_sp_sum.o and arma_sp_prod.o for architecture x86_64
collect2: ld returned 1 exit status
make: *** [anRpackage.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘anRpackage’

那么我做错了什么？对不起，如果这是一个愚蠢的问题......无论如何，感谢所有在armadilllo / RcppArmadillo做得很好的人，以及你的帮助。

学家

Answer 1

我对RcppArmadillo进行了一些更改以清理它。现在as和wrap正确模板化armadillo（arma::SpMat<T>）的稀疏矩阵类型。

您可以使用svn中的RcppArmadillo再试一次吗？

此外，现在，你应该只需要

#include <RcppArmadillo.h>

使用更新的代码，我能够编译你的包以及类似的东西：

#include <RcppArmadillo.h>
// [[Rcpp::depends("RcppArmadillo")]]
using namespace Rcpp ;

// [[Rcpp::export]]
arma::sp_mat sparse( arma::sp_mat A ){
    A(0,0) = 1;
    A(1,0) = 2;
    return A ;
}

/*** R  
    require(Matrix)
    m <- Matrix(c(0,0,2:0), 3,5)
    sparse(m)
*/

使用RcppArmadilloExtensions / sp_mat.h从Matrix到犰狳的稀疏矩阵转换

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