我最近开始研究一个没有使用版本控制系统的现有项目。我已广泛使用Subversion，但管理层想要使用Git。我正在学习它，并学会爱它。为了我自己的理智，我在Windows 7机器上创建了一个Git存储库，该存储库基于我从为我设置的开发环境（Linux）下载的文件。我很乐意为主人做出改变，但发现我必须经常改变我的发展重点。我意识到分支是最适合的方式。我采用了“A successful Git branching model”，到目前为止我一直很喜欢它。
挑战
一：该项目的符号链接现已在我的本地Git存储库中被破坏。我想修复它们，正确地将它们放入Git存储库。我有可用于生产代码的tar档案，但我不知道如何完成这个合理的合并。在Windows上我使用WinMerge，但不保留符号链接。一旦我在开发服务器上设置了存储库，我是否只是从我的Windows机器中放弃提交而只从服务器中提取？
二：项目的文件路径一直到文件系统根目录。我已经看过一些关于人们使用Git对配置文件进行版本控制并在文件系统根目录下有一个存储库的文章，但是我还没有看到一个.gitignore文件的好例子，它会尽可能地让它变得无痛。对此有什么好的做法？
更新为＃2
这些规则正在实现我的需要：
/* # ignore everything in root by default
!.gitignore # allow this file
!/library # allow library
!/home # allow user directories
/home/* # not every user
!/home/user # just this user
/home/user/* # not all the user's files
!/home/user/public_html # just the public_html files
!/home/user/www # symbolic link to public_html