knitr从1.2更新到1.4错误:退出行

时间:2013-08-18 18:05:25

标签: r knitr

我最近将knitr更新为1.4,从那以后我的.Rnw文件无法编译。 该文件很丰富(7章,包括child =“”)。 现在,在最近的knitr版本中,我收到一条错误消息:

    Quitting from lines 131-792 (/DATEN/anna/tex/CoSta/chapter1.Rnw) 
    Quitting from lines 817-826 (/DATEN/anna/tex/CoSta/chapter1.Rnw) 
    Fehler in if (eval) { : 
    Argument kann nicht als logischer Wert interpretiert werden

(最后两行意味着knitr正在寻找一个逻辑而且无法找到它。 在那些线131和817处,两个数字结束。单独编译这些片段将起作用。 我不知道如何解决这个问题。 提前感谢任何可以解决我的问题的提示。

这是sessionInfo()

    R version 2.15.1 (2012-06-22)
    Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

    locale:
      [1] LC_CTYPE=de_DE.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
      [3] LC_TIME=de_DE.UTF-8        LC_COLLATE=de_DE.UTF-8    
      [5] LC_MONETARY=de_DE.UTF-8    LC_MESSAGES=de_DE.UTF-8   
      [7] LC_PAPER=C                 LC_NAME=C                 
      [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
      [11] LC_MEASUREMENT=de_DE.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

      attached base packages:
      [1] tools     stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
      [8] base     

      other attached packages:
      [1] knitr_1.4

      loaded via a namespace (and not attached):
      [1] compiler_2.15.1 digest_0.6.3    evaluate_0.4.7  formatR_0.9    
      [5] stringr_0.6.2   tcltk_2.15.1   

根据Hui的建议,我分别运行每一章          针织( “chapter1.Rnw”) 等等。不会出现错误消息,并且会创建单独的tex文件。为了提供更多信息,我显示了部分代码。 有一个主文档,其中设置了几个选项

     <<options-setting,echo=FALSE>>=
     showthis <- FALSE
     evalthis <- FALSE
     evalchapter <- TRUE
     opts_chunk$set(comment=NA, fig.width=6, fig.height=4)
     @

每章都通过子块使用,例如:第一章是从

调用的
     <<child-chapter1, child='chapter1.Rnw', eval=evalchapter>>=
     @

上面给出了编织主Rnw文件时出现的错误消息。 相关的图形环境如下

     \begin{figure}[ht]
       \centering
      <<wuerfel-simulation,echo=showthis,fig.height=5>>=
      data.sample6 <- sample(1:6,repl=TRUE,100)
      table(data.sample6)
      barplot(table(data.sample6)/100,col=5,main="Haeufigkeiten beim Wuerfeln")
      @ 
      \caption{Visualisierung beim W"urfeln. 100 Versuche.}
      \label{fig:muent-vis}
      \end{figure}

这不是很先进,但错误仍然是之前给出的。 从行中退出涉及一个长文本,从131(第一个块的结尾)到第792行(后续块的开头),这是

       << zeiten, echo=showthis,eval=evalthis>>=
       zeiten <- c(17,16,20,24,22,15,21,15,17,22)
       max(zeiten)
       mean(zeiten)
       zeiten[4] <- 18; zeiten
       mean(zeiten)
       sum(zeiten > 20)
       @

正确关闭块有问题吗?

我现在找到了错误,我提供了一段带有可重现错误信息的短代码。它涉及涉及Sexpr的子进程的条件评估:

主文件如下

    \documentclass{article}
    \begin{document}
    <<options-setting,echo=FALSE>>=
    evalchapter <- TRUE
    @
    <<test,child="test-child.Rnw", eval=evalchapter>>=
    @ 
    \end{document}

相关的子文件'test-child.Rnw'是

     <<no-sexpr>>=
     t <- 2:4
     @ 
     text \Sexpr{(t <- 2:4)}

编织此'原样'会从上面给出错误消息。删除孩子中的Sexpr一切都很好。 但是,如果我删除子文件调用中的条件,即没有'eval = evalchapter'

,一切也很好用。

由于我经常使用Sexpr,我想解决这个问题。正如我之前提到的,knitR版本1.2没有问题。

1 个答案:

答案 0 :(得分:1)

这与knitr 1.3的变化有关,并在NEWS中提及:

  

options添加了一个参数knit_child(),以便为子文档设置全局块选项;如果父块调用子文档(通过child选项),则父块的块选项将用作子文档的全局选项,例如,对于<<foo, child='bar.Rnw', fig.path='figure/foo-'>>=,数字路径前缀在figure/foo-中为bar.Rnw;请参阅How to avoid figure filenames in child calls了解申请

这导致了内联R代码的错误。在您的情况下,当用于评估内联代码时,不会评估块选项eval=evalchapter。我修复了development version v1.4.5 on Github中的错误。