Question

我想重命名我从以下脚本下载的文件：

exec < input_list.txt
while read line
do
get $line
wget ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/$2/$4
# Rename $4
mv $4 $1"_"$3".bam"
done

输入文件（input_list.txt）是制表符分隔的，包含四列。第一个，$ 1 =名称，$ 2 = wget地址，$ 3 =因子，$ 4是文件名。

A549    wgEncodeBroadHistone    H2azDex100nm    wgEncodeBroadHistoneA549H2azDex100nmAlnRep1.bam

我想将$ 4（已下载的文件）重命名为较短的文件名，该名称仅包含相应的$ 1和$ 3条款。例如，wgEncodeBroadHistoneA549H2azDex100nmAlnRep1.bam 变为A549_H2azDex100nm.bam

我玩过"，但我一直收到mv命令的错误消息，$4是一个错误的变量名。任何建议将不胜感激。

Answer 1

如果使用wget的-O选项，则无需重命名文件：

#!/bin/bash

[ -n "$BASH_VERSION" ] || {
    echo "You need Bash to run this script."
    exit 1
}

while IFS=$'\t' read -a INPUT; do
    wget -O "${INPUT[0]}_${INPUT[2]}.bam" "ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/${INPUT[1]}/${INPUT[3]}"
done < input_list.txt

确保以script.sh之类的UNIX文件格式保存文件并运行bash script.sh。

在Shell Script Linux中重命名文件

1 个答案: